Fundado em 22 de janeiro de 2002, o Madre de Deus Sport Clube surgiu para o cenário do futebol em maio de 2008, quando se profissionalizou e adquiriu condições de disputar uma competição oficial, pois, antes disputava somente torneios amadores.
Em tempo recorde, a diretoria do Madre de Deus conseguiu inscrever a equipe no Campeonato Baiano da Segunda Divisão, atendendo a todas as determinações impostas pela CBF. Montou uma equipe em menos de um mês e iniciou o trabalho. A equipe foi comandada por Paulo Salles, que foi ídolo do Bahia na década de 1980. Tinha no elenco jogadores como Tigre, Flávio, Mantena, Jamaica e Belo.
Na Segunda Divisão, conseguiu ser campeão invicto, justamente no seu primeiro ano de competição. Disputou dez partidas, venceu seis e empatou quatro. Teve o melhor ataque da competição, com 22 gols marcados.
Em 2009 e 2010 já na elite do Campeonato Baiano de Futebol montou times com jogadores bastantes conhecidos do futebol brasileiro, principalmente jogadores vindos de Esporte Clube Bahia e Esporte Clube Vitória. Entre eles, passaram pelo Madre: Fausto, Jair, Elóy, Fábio Costa, Mantena, Reinaldo Aleluia, Pena e o experiente goleiro Jean, além deles a equipe também contava com jogadores de boa passagem por outros clubes como Fransuele, Jhulliam e Neno. Mesmo com o time cheio de medalhões, lutou para não cair em 2009, ficando em 10.º lugar. Já em 2010, mesmo tendo ficado nove partidas invicto, não conseguiu escapar e foi rebaixado para Segunda Divisão. No ano seguinte, foi desativado.[carece de fontes?]
