Lavor e os Gormitis de Lava atacam o Povo da Terra e roubam a Pedra Sulfúrica deles, o que acaba causando problemas nas plantações de Ventury Falls. Nisso Toby, Nick e Jéssica partem pra Gorm pra recuperarem a pedra ao mesmo tempo que Toby e Nick tentam arrumarem uma grande bagunça em casa enquanto seus pais estão fora.

Lavion e Bombos se libertam de seu banimento e vão atrás de Mímico para se vingarem dele queimando as florestas de Gorm, o que acaba afetando Ventury Falls também. Nisso Lucas, Toby e Nick partem pra Gorm detê-los, porém Lucas usa um feitiço proibido que acaba transformando-o numa árvore. Diante disto Toby e Nick partem para buscar uma cura na dimensão em que Lavion ficou preso.

Cospe Fogo hipnotiza os Gormitis do mar e acaba causando uma grande inundação em Ventury Falls. Nick, Lucas e Jéssica partem para detê-lo, porém acabam sendo hipnotizados também, nisso Toby deixa seu posto de guardião e decide ir pra Gorm salvar seus amigos do feitiço, ao mesmo tempo que Nick está atrasado numa disputa de presidente estudantil contra o Ike.

Enquanto Toby e Jéssica ficam se competindo em um campeonato de judô, um tsunami ataca Ventury Falls. Toby, Nick e Lucas viajam a Gorm e descobrem que Lavor está atrás de encontrar o torneio secreto das tribos de Gorm do qual Magmion quer entrar pra lutar, porém o local do torneio é o responsável pelas catástrofes. Nisso os Senhores da Natureza e os demais lutadores desafiam Magmion e seu exército para expulsá-los da arena.

Orrore invade e destrói as paredes da caverna de Obscurio em busca de adquirir sua coroa e o seu armamento, fazendo a neve em Ventury Falls derreter. Nisso Toby, Jéssica e Lucas partem pra impedí-lo, porém em meio a luta Toby acaba usando a coroa e se torna possuído por Obscurio passando a agir como um ditador maligno.

Magmion forma uma aliança com o Guardião Ancião Drakkon e tenta dominar os demais Guardiões, o que acaba deixando os animais de Ventury Falls ficarem fora de controle. Diante disto Lucas, Nick e Toby viajam para Gorm e se encontram com os seus Guardiões Troncalion, Tentaclion e Roscalion, e juntos unem forças para derrotar Magmione Drakkon e impedir dele captura-los.

Aranha rouba uma das Jóias do Falcão do templo do ar e trava uma luta contra Águia Solitária, causando meteoritos que começam a atingir Ventury Falls. Toby, Nick e Lucas viajam para Gorm e descobrem que sem a jóia os templos acabam caindo no chão. Porém Toby parece se importar mais com pegadinhas a ponto de ser ignorado pelos seus amigos e em seguida se aliar com Martelo Flamejante, um Gormiti de lava banido por Magmion que acaba por trair Toby.

Enquanto Toby e Nick treinam para um campeonato de futebol na escola várias pedras de gelo começam a chover em Ventury Falls. Nisso Toby, Jéssica e Lucas partem pra Gorm onde se encontram com Erosão que usa seus poderes de gelo para congelar toda a Nação do Mar e atacar os Senhores da Natureza, após uma lavagem cerebral comendo os diamantes de sal negro. Porém este ataque atrai a atenção de Orrore e os Gormitis de lava a quererem dominar também os tais diamantes.

Enquanto Toby se encarrega de cuidar o mascote de sua classe, Magmion juntamente de Drakkon e outros dois de seus servos enfeitiçam os mares de Gorm fazendo o povo do mar enfraquecer e lutar diante do povo de fogo, como Tarta e seu soldado Martelo. Nisso Toby, Jéssica e Nick partem para Gorm ajudar o povo do mar, porém Toby acaba sendo infectado e também enfraquece a ponto dele e Martelo serem capturado por Magmion.

Após constatar que o Grande Parque Nacional está petrificado, Razzle explica às quatro crianças que o Povo da Floresta está sendo atacado e petrificado pelos gormitis do vulcão. Depois de Jéssica ser escolhida como guardiã, Nick, Lucas e Toby são transportados a Gorm, porém são interrompidos e, juntos com Jéssica, são levados ao quartel general do Supremo Luminoso: o Templo da Luz. Lá, o Supremo Luminoso dá-lhes novos poderes e diz para se prepararem para a dificuldade das batalhas por vir. Jéssica retorna ao Painel Primal e os outros três chegam em Gorm. A equipe descobre, com a ajuda do Supremo Luminoso, que os servos de Magmion estão atacando o território da floresta para obter a Minhoca Sagrada e capturar Canon, tudo para ressuscitar Obscurio, o Senhor da Escuridão e seu novo mestre.^{[resumo 1][episódio 1]}

Com o desaparecimento de membros do Povo da Floresta e o surgimento anormal de uma quantidade muito grande de aranhas no Grande Parque Nacional, Toby, Lucas e Jéssica partem para Gorm para sanar o problema. Porém, ao se depararem com uma versão maior de Xiron, um gormiti vulcânico de aparência aracnídea, Toby apavora-se devido ao seu medo de aranhas. Quando os Senhores descobrem que Xiron, sob o comando de Magmion e Obscurio, raptou os gormitis da floresta, Toby terá de vencer seu medo para derrotá-lo.^{[resumo 2][episódio 2]}

Toby leva um sermão de seus pais pela sua preguiça e irresponsabilidade. Logo após, as quatro crianças são chamadas por Razzle e Toby, Jéssica e Nick vão para uma cidade submarina no território do Povo do Mar, onde encontram Magmion e Moloch mexendo na terra. Depois de expulsá-los, Toby começa a ser tratado como um rei pelo Povo do Mar. Novamente no Grande Parque Nacional, surgem grandes galhos negros repletos de espinhos e que não param de se alastrar. Em Gorm ocorre o mesmo, sendo revelado que Magmion e seu servo plantaram a semente que originou os recifes espinhentos na Nação do Mar. Agora Toby, o Senhor do Mar, terá que enfrentar a responsabilidade de salvar o seu povo.^{[resumo 3][episódio 3]}

As árvores na Terra continuam a ser petrificadas, ameaçando a vida no planeta. Em Gorm, os gormitis do vulcão atacam o Povo do Ar, enfraquecidos pela poluição atmosférica. Toby, Lucas e Jéssica partem para Gorm e, juntos de Bertz^{[nota 8]}, seguem Orrore, Ciclope e o Gritador Cego dentro de uma passagem que leva ao Vale do Esquecimento. Contudo, essa perseguição trata-se de uma armadilha de Obscurio, já que a magia do vale faz com que aqueles que nele entrem esqueçam-se gradualmente de tudo, inclusive de si mesmos.^{[resumo 4][episódio 4]}

Nick fica frustrado por não ter tirado a nota máxima em um teste. Enquanto isso, ocorrem terremotos na Terra e em Gorm, sendo que o epicentro na terra dos gormitis está localizado na Montanha da Rocha Morta, local onde está enterrado um artefato poderoso: a Rocha Refratária. Magmion, auxiliado pela magia de Obscurio, é a causa dos terremotos, que abriram a Montanha e permitiram que o Senhor da Terra recuperasse a Rocha, sem consciência de que fez o trabalho pesado para Magmion.^{[resumo 5][episódio 5]}

Os terremotos persistem no planeta Terra e Armageddon, um novo senhor do vulcão e general de Obscurio, utilizou uma magia negra para cegar Cingataurus^{[nota 9]}, um gormiti da terra capaz de provocar fortes terremotos. Temendo pelo bem de seu povo, Cingataurus fugiu e foi capturado pelas forças do Senhor da Escuridão, que o levaram para o esconderijo de Obscurio: o Covil do Desespero. Nick, Toby e Lucas então vão a Gorm e, ajudados de Jéssica e Razzle, encontram a entrada do Covil, mas perdem contato com o Painel Primal ao entrar no esconderijo. O Senhor da Terra, que assumiu a liderança por se tratar de uma missão subterrânea, descobre, contudo, que Obscurio protegeu seu Covil dos poderes da terra, colocando todos os Senhores da Natureza em risco.^{[resumo 6][episódio 6]}

O Povo do Vulcão começa a raptar um gormiti de cada povo para poder usá-los no Círculo da Eternidade em um ritual mágico, permitindo que Obscurio recupere seus poderes por completo. Com a Terra ainda sobre o efeito de terremotos e Ventury Falls deslizando para o oceano, Toby, Nick e Jéssica são transportados para Gorm a fim de impedir os gormitis de lava de encontrar o Círculo, assim como resgatar os gormitis capturados.^{[resumo 7][episódio 7]}

Mesmo tendo impedido que a cidade de Ventury Falls deslizasse ao mar, os continentes começam a se deslocar em rota de colisão uns com os outros. Enfraquecido pela magia negra da Onda de Vibração, o gormiti Diamantes, do Povo da Terra, foi raptado pelos gormitis do vulcão. Para resgatá-lo, Nick, Toby e Jéssica vão a Gorm, porém, ao chegarem lá, Nick perde-se nos subterrâneos do território da Montanha do Vulcão. O Supremo Luminoso revela a Jéssica e Toby que o Povo do Vulcão pretende utilizar os diamantes do gormiti da terra para executar o Feitiço da Cristalização, tornando Obscurio invencível.^{[resumo 8][episódio 8]}

Obscurio utiliza sua magia negra para provocar uma seca em uma aldeia do Povo da Terra, provocando comportamentos anômalos na água do planeta Terra. Com Nick de guardião, os outros três partem para a aldeia e confrontam Ciclope^{[nota 10]}, Moloch e Xiron. Ao derrotarem-nos, Toby restaura a água à aldeia, realocando a água disponível em um lago distante. Os Senhores ficam intrigados quando um gormiti da terra, Rockrusher^{[nota 11]}, informa-lhes que a aldeia está abandonada há séculos. Eles então descobrem que o lago de onde Toby retirou a água era o esconderijo de talismãs escondidos pelos antigos do Povo da Terra, e que Magmion pretende recuperá-los para dar onisciência a Obscurio.^{[resumo 9][episódio 9]}

Os Senhores da Natureza recebem um chamado de socorro do Guardião Ancião da Floresta, Troncalion, e então Toby, Lucas e Jéssica partem para ajudá-lo. Ao chegar no local do chamado, no entanto, descobrem que era uma armadilha, pois Armageddon tenta roubar-lhes os poderes usando o Feitiço da Transferência, decifrado por Obscurio do Codex de Magor. Devido à disputa com Magmion, Armageddon falha em armazenar os poderes de Toby e Lucas, mas deixa-os com os poderes trocados. Agora os dois têm de aprender a usar os poderes um do outro até que consigam desfazer o feitiço.^{[resumo 10][episódio 10]}

O povo da lava começa a atacar a nação do mar na busca de libertar um antigo exército petrificado, o que acaba fazendo a vegetação de de Ventury Falls secar. Nisso Toby, Lucas e Jéssica partem pra Gorm, porém Toby acaba se desidratando assim como os demais de sua nação.

Após Obscurio ser bem sucedido em destruir o Templo da Luz, a única esperança dos Senhores da Natureza é recuperar as Areias Movediças e usá-las para chegar ao Covil do Desespero, destruir o Codex de Magor e assim neutralizar os poderes de Obscurio. Para isso, contudo, eles têm de primeiramente tomar o artefato da posse de Roscalion e dos outros Guardiões Anciões, que foram corrompidos pela escuridão do eclipse. Dessa vez, os quatro irão para Gorm enquanto Razzle é o Guardião e o Supremo Luminoso recupera suas forças no Painel Primal para a batalha final.^[31]