Todos os 56 membros da CAF podem entrar na Liga dos Campeões da CAF, com os 12 melhores ranqueados de acordo com o Ranking de 5 anos da CAF podendo inscrever duas equipes na competição. O campeão da edição da passada da competição também tem direito a uma vaga.[1]
Para a edição de 2016, a CAF usa o ranking entre 2010 e 2014, que calcula pontos para cada associação participante com base na performance dos clubes através destes 5 anos na Liga dos Campeões da CAF e na Copa das Confederações da CAF. Os critérios para os pontos são os seguintes:[2]
D.^ Em 24 de maio de 2016 a CAF anunciou que o Mamelodi Sundowns venceu por w/o após o AS Vita Club escalar um jogador em situação irregular na partida contra o Mafunzo, na fase preliminar.[10]
a.^ A CAF anunciou em 23 de junho de 2016 que o ES Sétif foi eliminado pela invasão e outros incidentes ocorridos na partida contra o Mamelodi Sundowns em 18 de junho de 2016.[12] Com isso todos os jogos da equipe foram anulados.