A Liga Futsal de 1999 foi a quarta edição do campeonato brasileiro da modalidade. Treze equipes participaram da competição, disputada em quatro fases. Na primeira, as treze equipes jogaram entre si em turno e returno. As oito melhores formaram dois grupos na segunda fase e jogaram em turno e returno contra as outras equipes do mesmo grupo. As duas melhores equipes de cada chave fizeram as semifinais, e as vencedoras das semifinais decidiram o título.