Em seu primeiro mandato, serviu como presidente temporário entre 1 de setembro a 31 de dezembro de 1863. Medina foi então eleito presidente em 1864. [3] De acordo com a constituição de 1848, ele era elegível para um segundo mandato. [3] No entanto, em 1865, ele convocou uma Convenção Constitucional, que aprovou uma nova constituição em 18 de setembro. [3] Isso restringiu o presidente a um único mandato, bem como tornou o Congresso Nacional unicameral. [3] A Convenção fez de Medina presidente provisório, que foi confirmado numa eleição de dezembro de 1865. [3]
A fim de ganhar um segundo mandato após a aprovação da nova Constituição, convocou uma nova Convenção, que aprovou as alterações à constituição e também o elegeu presidente para um segundo mandato. [3] No entanto, após protestos, ele realizou um referendo sobre o assunto, que foi aprovado por mais de 95% dos eleitores. [3] No entanto, em 26 de julho de 1872 foi derrubado do poder após uma revolta pelos Liberais.