No final do século XV Portugal reunia um rico tesouro de joias resultado do reinado de D. Manuel I (1495-1521), um dos homens mais poderosos do mundo na época, conhecido pelo seu prazer na ostentação.
Grande parte destas joias perder-se-ia durante a tomada da coroa portuguesa pelos Habsburgos.[2]
No início de 1581, resistindo à união ibérica, António de Portugal, Prior do Crato, neto de D. Manuel, que fora aclamado rei por parte da população recolheu as joias da Coroa Portuguesa antes de Filipe I ser feito o Rei de Portugal. Procurando apoio para a sua causa, fugiu para a França levando consigo as joias, incluindo muitos diamantes valiosos. Bem recebido pela rainha consorte Catarina de Médici, vendeu-lhe algumas das peças em troca de apoio da França nos planos para recuperar o trono e depor Filipe I. Quando as forças luso-francesas foram vencidas nos Açores, em 1583, D. António partiu para o exílio e nuredicou a vida tentar recuperar o trono. Em Inglaterra pediu o auxílio da rainha Isabel I a quem terá entregue joias como penhor, entre as quais o famoso "espelho de Portugal", descrito como um diamante quadrangular de cerca de 30 quilates,[3] por várias tentativas de tomar Lisboa, como a da Contra armada inglesa de Julho de 1589. Após várias tentativas falhadas, a pobreza levou-o a vender muitos dos diamantes restantes como o diamante Sancy.[4][5] O último e melhor diamante, conhecido como diamante Sancy seria adquirido por Nicolas de Harlay de Sancy, passando para Maximilien de Béthune vindo a ser incluído nas joias da coroa francesa.
Durante a Guerra da Restauração, João II de Bragança vendeu muitas das joias da Coroa portuguesa para financiar a guerra com Espanha. Quando se tornou rei de Portugal em 1640 e deposta a Casa de Habsburgo, colocou a sua coroa aos pés de uma estátua de Nossa Senhora da Imaculada Conceição declarando-a a "verdadeira Rainha de Portugal". Desde então, os monarcas portugueses não têm uma coroação, mas sim uma aclamação.
Em 1755 o grande terremoto de Lisboa destruiu o Paço da Ribeira, residência real portuguesa. Com a destruição do palácio, inúmeras joias da coroa portuguesa da época foram destruídas, perdidas ou roubadas.
Quando a sua corte esteve no Rio de Janeiro, D. João VI mandou fazer um novo conjunto de joias da Coroa. Criadas pelo joalheiro real na oficina de António Gomes da Silva, o conjunto incluiu uma nova coroa e cetro, entre uma infinidade de peças. As peças desta época são a maioria do atual conjunto de joias da coroa portuguesa.
A Rainha, D. Maria I, em 1808, inclusive tem o cuidado de louvar a função de guarda-joias ao serviço da Casa Real por um despacho público e edital[6].
Quando Maria Pia de Saboia se tornou rainha consorte de Portugal, o rei Luís I mandou fazer muitas novas joias. Paralelamente, foi confeccionado um novo manto real. Quando a Família Real portuguesa partiu para o exílio, muitas das joias seguiram com a rainha Amélia de Orléans e a rainha mãe Maria Pia de Saboia.
Em 2002 em Haia, durante uma exposição sobre joias da coroa europeias para o qual tinham sido emprestadas, seis peças[7] das joias da coroa portuguesa foram roubadas.[7][8] Incluindo um diamante de 135 quilates, o castão de bengala do rei D. José I de ouro com 387 brilhantes, um anel com um brilhante de 37 quilates, uma gargantilha com 32 brilhantes e um par de alfinetes na forma de trevo. Na sequência da investigação do museu e das autoridades holandesas, o governo holandês pagou o montante de seis milhões de euros ao governo português[9] para reparação. As joias não foram recuperadas.