Depois de estudar em Hamburgo e na Universidade de Franeker, onde Sixtinus Amama era um de seus professores, tornou-se em 1630 professor de filologia bíblica no Ginásio Ilustre em sua cidade natal. Em 1636, ele foi transferido para Franeker, onde ocupou a cadeira de hebraico, e de 1643 a cadeira de teologia, até 1650, quando sucedeu o ancião Friedrich Spanheim como professor de teologia na Universidade de Leiden.
Ele ensinou que antes e depois da queda do homem, a relação entre Deus e o homem era uma aliança . A primeira aliança era uma Aliança de Obras. Para isso foi substituída, após a queda, a Aliança da Graça, necessitando da vinda de Jesus para seu cumprimento. Ele possuía visões milenaristas e foi o fundador de uma escola de teólogos chamados "cocceianos". Seu aluno mais ilustre foi Campeius Vitringa.
Obras
Seu principal trabalho foi o Lexicon et commentarius sermonis hebraici et chaldaici (1669), que foi frequentemente republicado. Sua teologia é totalmente exposta em sua Summa Doctrinae de Foedere et Testamento Dei (1648), onde ele elaborou o que seria considerado uma perspectiva bíblico-teológica e histórico-redentora para apresentar a Teologia da Aliança. Esse procedimento "cocceiano", conhecido hoje como "teologia bíblica", foi colocado contra a abordagem analítica "doutrina por doutrina" de seus contemporâneos na Holanda, especialmente, Voetius.
Por mais de meio século, a teologia bíblica de Cocceius e a teologia sistemática de Voetius provocaram controvérsia na igreja da Holanda, cada lado tentando provar os erros e a ilegitimidade do outro. Como expoente da teologia federal, Cocceius foi tacitamente influenciado por seus professores em Bremen: Matthias Martinius e Ludwig Crocius . [1]
Suas obras coletadas foram publicadas em 12 volumes (1673-1675).
Heiner Faulenbach: Coccejus, Johannes . In: Theologische Realenzyklopädie 8 (1981), pp. 132-140.
Reinhard Breymayer: Auktionskataloge deutscher Pietistenbibliotheken . O primeiro registro de leilões do catálogo privado dos irmãos Vorpietisten Johannes Coccejus, foi aprovado pela reforma do Theologen 17. Jahrhunderts. [. . . ] In: Bücherkataloge als buchgeschichtliche Quellen in der frühen Neuzeit. Ed. de Reinhard Wittmann. Harrassowitz, Wiesbaden 1985 (Wolfenbütteler Schriften zur Geschichte des Buchwesens, vol. 10), pp. 113-208.