Entre 1977 e 1979, junto de Rubens Minelli, participou ativamente do processo de estruturação e organização do Departamento de Futebol do São Paulo. Entre outras inovações, Medina sistematizou um processo alimentar para os atletas dentro do próprio clube, introduziu trabalho de musculação e implementou o uso da fisiologia esportiva aplicada ao futebol. Em julho deste mesmo ano, com Minelli, iniciou o trabalho de estruturação e organização nas seleções principal, júnior e juvenil na Federação de Futebol da Arábia Saudita.
De 1994 a 1999, participou do projeto de futebol internacional integrado Special Olympics nos Estados Unidos, coordenou o setor técnico da equipe principal e categorias de base do São Paulo, como diretor executivo do Goiás Esporte Clube estruturou e organizou o Departamento de Futebol, foi coordenador técnico do Internacional, consultor e diretor executivo do Etti Jundiaí Futebol Ltda e responsável pelo planejamento do Al-Hilal Club (Omdurman).
No Internacional, entre 2000 e 2001, coordenou um projeto inédito no futebol gaúcho, com repercussão nacional, ao implantar processos interdisciplinares de trabalho, integrando as dimensões política, administrativa e técnica, com ênfase nos investimentos estratégicos nas categorias de base do clube, revelando inúmeros talentos para o mercado nacional e internacional; Medina foi durante bom tempo o centralizador das decisões futebolísticas do clube, na gestão do então presidente Fernando Miranda , mas com os maus resultados acabou canalizando contra si os desejos de mudanças na torcida. Na ocasião, foi profético: ""O que estamos fazendo no Inter não é para dar resultado agora. É para cinco ou seis anos"", o que de fato ocorreu; nas categorias de base surgiam nomes como Alexandre Pato e Nilmar. Seu nome chegou a ser cogitado, em 2004, para trabalhar na equipe rival, o Grêmio.
Já em 2002, como diretor executivo técnico do Santos, iniciou o processo de organização do seu Departamento de Futebol.
Em 2003 idealizou a "Cidade do Futebol", projeto de levar para a internet os principais especialistas do futebol. Passou a se chamar Universidade do Futebol, em 2009. De 2003 e 2006, atuou nos clubes Ittihad FC e Al-Hilal Club (Omdurman), ambos na Arábia Saudita.
Em 2007 idealizou, junto a Pelé, o Campus Pelé, em Jundiaí, que contaria com diversos parceiros como o clube local (o Paulista), além da instituição de um fundo, em parceria com o clube suíço Lausanne Sports, que traria investidores na preparação de futuros atletas para serem comercializados no futebol europeu, com lucro; em 2010 a iniciativa fracassou, com a saída do Lausanne.[1]
Exerceu a função de professor convidado do curso (disciplina eletiva) sobre Gestão Técnica do Futebol na FCA-Unicamp em Limeira, em 2013. Ingressou como aluno, em 2014, no curso de pós-graduação (Doutorado) da FEF-Unicamp e, no final deste mesmo ano, foi convidado por Ricardo Guerra e Alex, para participar da criação de um projeto técnico-administrativo para implantação no Coritiba. Em 2015 começou a implantação do projeto no clube paranaense.
Em 2019, participou da Consultoria Técnica para reestruturação organizacional do Club Athletico Paranaense.
No ano seguinte, em 2020, a Universidade do Futebol se reestrutura, criando o conceito de Marketplace com os sócios Heloisa Rios e Rafael Lacerda.
Foi professor em diversas instituições universitárias, entre elas UNICAMP e PUC-Campinas.
Ideias
"A necessidade de compor uma comissão técnica com profissionais de diferentes áreas, se por um lado aliviou o trabalho do técnico, por outro acabou criando áreas de atrito. Na comissão técnica do futuro, cresce a importância da figura do coordenador técnico, o agente facilitador para o trabalho do técnico."
— J. P. Medina (2003)
Pioneiro nas inovações administrativas do futebol brasileiro, Medina obteve reconhecimento por seu trabalho inovador à frente do Internacional (2000-2001), que veio a produzir resultados após sua passagem.
"Nos anos 50, sobressaía a figura do técnico centralizador", explica - "quase sempre um ex-jogador que acumulava até a função de preparador físico. Na década seguinte, o futebol sofreu a primeira modificação, com a introdução da preparação física, do médico acompanhando os atletas. Nos anos 70, surgiu a figura do assistente-técnico, do preparador de goleiros e foram agregados à comissão técnica dos clubes e seleções profissionais de áreas como Nutrição, Psicologia, etc." - o que acabou gerando um problema para os clubes: a falta de liderança.
Bibliografia do autor
Medina é autor de várias obras sobre o preparo físico de atletas, além de co-autor e colaborador em vários livros:
A Educação Física cuida do corpo… e "mente", Papirus, 1982 (reeditado em 2010, com ampliações - 25ª ed.).
O Brasileiro e seu corpo, Papirus, 1987
“Reflexões para uma Política Brasileira do Corpo” in: Fundamentos Pedagógicos – Educação Física, vol. 2, Ao Livro Técnico S.A., 1987.
"Reflexões sobre a fragmentação do saber esportivo”, in: Educação Física & Esportes – Perspectivas para o século XXI, Papirus, 1992.
"Saúde Coletiva/Atividade Física: Uma Abordagem Exploratória", in: Saúde Coletiva e Urgência em Educação Física, Papirus, 1997.
Realize o Impossível – frases para estimular e inspirar executivos e esportistas, ed. Gente, 1999.
“Manuel Sérgio e o Futebol”, in: Motrisofia – Homenagem a Manuel Sérgio Editora Instituto Piaget, Portugal, Coleção Epistemologia e Sociedade, 2006.
Futebol, Psicologia e a Produção do Conhecimento, Coleção Psicologia do Esporte e do Exercício (coautor), Editora Atheneu, 2008.
“Novos profissionais para novos tempos no futebol: a questão da expatriação e o alvorecer de uma nova ciência”, in: Expatriados.com – Um Novo Desafio para os RH’s Interculturais, 2009.