Ele foi por muitos anos um militante por direitos gays que havia sido sexualmente ativo, e algumas pessoas criticaram sua nomeação devido a sua posição quanto aos direitos gays, e outros porque ele não havia publicamente se 'arrependido' de suas atividades sexuais passadas de forma que indicasse que elas eram erradas.
Vários líderes anglicanos em vários países declararam sua intenção de se separar da "communion" se a consagração fosse levada a cabo. Preocupações quanto a uma possível divisão na igreja levaram o Arcebispo de Canterbury, Rowan Williams, a pedir que John resignasse. Em 6 de julho de 2003, ele desistiu de sua nomeação ao bispado. Apesar da desistência, as diferenças na Igreja Anglicana continuaram a causar controvérsia em 2003 devido à nomeação de Dene Robinson como Bispo de New Hampshire na Igreja Episcopal dos Estados Unidos.
Apesar de muitos conservadores ficarem ofendidos com a ideia da preferencia de Dr John, e apesar de muitos advogados liberais ficarem igualmente ofendidos com o jeito com que ele foi tratado, observadores menos interessados viram a eventual solução uma tacada de mestre: Ao aponta-lo para servir em uma catedral famosa, o Primeiro Ministro (que, em consulta ao Arcebispo de Canterbury teve sua posição final no assunto) conseguiu lhe dar uma posição de igual ou até maior proeminência e prestigio, porém sem a autoridade hierárquica sobre outros, que garantiu aos conservadores a diocese de Oxford.
Em agosto de 2006, Dr John entrou numa parceria civil com seu parceiro de longa data, Grant Holmes. [1]
Seguido de uma entrevista na BBC Radio 4 na Semana Santa de 2007, Jeffrey John foi criticado por bispos evangélicos de Durham, Willesden e Lewes por negar a doutrina penal. Ele disse "Na cruz Jesus morreu por nossos pecados; o preço de nosso pecado foi pago; Mas não foi pago para Deus e sim por Deus". Ele citou Julian de Norwich, um admirado místico inglês do século XIV que afirmou que "Não existe fúria em Deus".
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