Em 1835, congregações calvinistas e luteranas se uniram em Batávia (Jacarta) para se tornar a Igreja Protestante nas Índias Orientais Holandesas. Em 1937 a denominação foi reconhecida pelo governo colonial holandês e tornou-se a igreja estatal durante o período colonial.[3]
Após a independência da Indonésia, passou a se chamar Igreja Protestante na Indonésia.[1]
As igrejas luteranas se separaram da organização nos anos seguintes, de forma que a denominação permaneceu apenas na tradição reformada.
Estrutura
A denominação é formada por 12 igrejas autônomas, com alto grau de autonomia. São elas:[1]