Henry B. Guppy nasceu em Falmouth, Cornualha, na costa da Inglaterra, filho do Dr. Thomas Stokes Guppy (1812–1893), um médico local, e de sua esposa Charlotte Ann Brougham (1826–1894). Foi educado na Sherborne School, e estudou medicina no Queen's College de Birmingham e depois na Universidade de Edinburgh, na qual obteve o grau de médico-cirurgião (MB CM).[3]
Tendo terminado o seu serviço na Royal Navy, em 1896 retornou ao Pacífico para iniciar uma extensa campanha de pesquisa geológica e botânica. Realizou investigações nos recifes de coral das ilhas Keeling e trabalhou em Java, na Hawaii e nas Fiji,[7] apenas regressando à Grã-Bretanha em 1899. Após o seu regresso, despendeu vários anos a analisar as suas descobertas e a escrever sobre elas. Terminados esses trabalhos, de 1906 a 1914 fez estudos nas Índias Ocidentais e nos Açores. A Primeira Guerra Mundial reduziu as possibilidades de viagens, mas terminada a guerra realizou mais viagens no Pacífico em 1919.
Faleceu de doença cardíaca súbita em viagem entre o Tahiti e a Grã-Bretanha a bordo do SS El Kantara quando o navio estava fundeado em Fort-de-France, na Martinica.[5]
Casou em 1887 com Mary Annie Jordan (n. 1854) (enquanto ainda na Royal Navy) e depois, em 1900, com Letitia Warde, de Yalding (Kent).
1887: The Solomon Islands and Their Natives. London: Swan Sonnenschein, Lowrey & Co
1887: The Solomon Islands: Their Geology, General Features, and Suitability for Colonization. London: Swan Sonnenschein, Lowrey & Co
1890: Homes of Family Names in Great Britain. London: Harrison and Sons. lxv, 601 p.
1903: Observations of a Naturalist in the Pacific between 1896 and 1899. 2 vols. London: Macmillan, 1903–1906. v. 1. Vanua Levu, Fiji, a description of its leading physical and geological characters[9]—v. 2. Plant-dispersal.[10]
↑Beolens, Bo; Watkins, Michael; Grayson, Michael (2011). The Eponym Dictionary of Reptiles. Baltimore: Johns Hopkins University Press. xiii + 296 pp. ISBN978-1-4214-0135-5. ("Brougham", p. 40; "Guppy", p. 112).