Classificações dos haplogrupos humanos de qualquer classe baseados em marcadores genéticos, especificamente por meio de polimorfismos por troca de um só nucleotídeo, ou SNP por sua sigla em inglês, tem estado evoluindo rapidamente nos últimos anos a medida que novos marcadores são encontrados.
Mediante análise de polimorfismos de restrição enzimática (RFLPs (em inglês)) se podem encontrar estes SNPs: os haplogrupos se definirão em função da presença ou ausência de deslocamento de corte por enzimas de restrição devidas aos polimorfismos por troca de um só nucleotídeo. Segundo se utilizem mais ou menos enzimas para fazer o estudo, se obterão análise de restrição de alta ou baixa resolução, respectivamente.
Os SNPs são preferidos para estudos de evolução porque é pouco provável que se produza o desaparecimento de um SNP que se tenha produzido em um momento determinado da evolução. Deste modo, os SNPs se acumularão ao longo do tempo na população. Estudando os SNPs presentes em cada população se podem fazer grupos, uns descendentes de outros, até chegar finalmente a encontrar os ancestrais que deram origem à população: no caso das análises de mtDNA humano se chega até à denominada "Eva mitocondrial" e no caso das análises do cromossoma Y, ao "Adão cromossomial-Y".
