Finda a guerra, ficou prisioneiro no Brasil e uma vez libertado, voltou ao seu país e organizou a pedido do então presidente Juan Bautista Gill o novo exército paraguaio. Francisco Isidoro foi o único general da guerra que escreveu sobre o conflito, tendo escrito a obra "Datos Históricos de la guerra del Paraguay contra a triple alianza"[2], e é lembrado por ter impedido que seus soldados tomassem a espada das mãos do tenente Antônio João na tomada de Dourados.