Estudou na Academia de Belas-Artes de Viena, e assegurou a sua subsistência financeira pintando retratos. Em 1811 obteve um posto de professor de artes plásticas junto da prole do conde Ignácz Gyulay, na Croácia. Três anos depois, regressou a Viena e trabalhou o seu estilo copiando as obras dos grandes mestres.
Waldmüller interessou-se progressivamente pela natureza e dedicou-se à pintura paisagista. Foi neste género que o seu estilo atingiu a maior originalidade, seu sentido cromático e seu bom conhecimento da natureza ajudaram-no a executar telas notáveis.
Waldmüller foi também professor na Academia de Belas-Artes de Viena, mas teve regularmente disputas com a elite vienense em virtude das suas críticas ao sistema da instituição, que queria concentrar no estudo da natureza.
Obra escrita
Nos seus escritos trata sobre aspectos teóricos das suas concepções da pintura e do desenho e as suas consequências pedagógicas:
Das Bedürfnis eines zweckmäßigen Unterrichts in der Malerei und plastischen Kunst. Angedeutet nach eigenen Erfahrungen. (A necessidade de uma educação adequada na pintura e artes plásticas. Baseado na própria experiência.) Viena 1846
Vorschläge zur Reform der Österreichisch-kaiserlichen Akademie der bildenden Kunst. (Proposta de reforma da Academia de Belas-Artes no Império Austríaco.) Viena 1849
Andeutungen zur Belebung der vaterländischen bildenden Kunst. (Sugestões para estimular a arte patriótica) Viena 1857 Versão digitalizada.
Imitation, Reminiscenz, Plagiat. (Imitação, reminiscência e plágio.) 1857
Galeria
Entre os seus retratos mais conhecidos estão os seguintes: