O nome da escola reflete a influência do positivismo de seus fundadores.
O projeto, de 1873, foi elaborado pelo engenheiro e empreiteiro Guilherme Krug.[4][9] Seu prédio foi construído nos moldes da arquitetura clássica francesa.[3]
Em 1890 a escola passou por uma crise e teve de fechar as portas. Só funcionou como colégio particular de 1874 a 1892, quando foi transferido para a Prefeitura de Campinas.[3] Em 1896, foi reaberta sob a égide do governo de São Paulo como Gymnasio de Campinas.[3][10]
Até 1964, quando uma controversa reforma educacional foi promovida pelo Regime Militar, o Colégio Culto à Ciência era uma escola igualitária e de alta qualidade, frequentada tanto pela elite econômica e pela classe média. Muitas dessas qualidades foram perdidas após a reforma, para a tristeza de seus muitos alunos. Atualmente a escola faz parte do sistema estadual de ensino, dentro da Secretaria de Educação do Estado de São Paulo.[carece de fontes?]
O tombamento do colégio como patrimônio cultural campineiro ocorreu no ano de 1983 pelo CONDEPHAAT.[3][9][11][12]
Em 2007, a Fundação para o Desenvolvimento em Educação (FDE) anunciou que o Colégio passaria por uma grande reforma radical. Até 2011, os R$ 4 milhões disponibilizados pelo governo paulista financiaram as obras estruturais. As salas de aula e os laboratórios foram refeitos. Portas e janelas foram artesanalmente recuperadas. Houve o restauro de detalhes simbólicos da arquitetura original: adornos, portas, batentes, ladrilhos. O jardim externo frontal foi totalmente recuperado, com a remoção de árvores condenadas e o cultivo novas espécies.[13]
A escola preserva um acervo com mais de 20 mil livros, incluindo obras que datam de 1600 e 1700.[3][5]
Ex-alunos famosos
O Colégio Culto à Ciência teve muitos alunos que tornaram-se famosos[3][5][12][14]: