Antes da chegada de Pedro de Valdivia, existia uma localidade chamado Llopeo, no entorno do local onde hoje se localiza a comuna. Em 1535 chegaram os sacerdotes franciscanos no local que atualmente se chama El Tejar; este local estava rodeado de montanhas e bosques, recebendo o nome de San Francisco de El Monte.
Além dos Llopeo existiam outras localidades indígenas: Alhué, Puangue, Chiñigue, Calera de Tango, Pelvín (atual Peñaflor), Melipilla, Paicoa e Talagante.
Em 1682, os franciscanos edificaram o templo que hoje é ocupada a Paróquia San Francisco e transferiram o convento para o novo prédio. Ao seu redor começou a formar-se uma aldeia para a qual transferiram-se muitos índios de Llopeo. Ao mesmo tempo, chegaram muitos espanhóis e mestiços.
Durante o século XVII, San Francisco de El Monte foi adquirindo notável importância. Assim em 1780 foi solicitada para a aldeia o título de "Vila", status que não foi conferido até um século depois, pelo decreto de 12 de setembro de 1895. A mestiçagem e a vida agrícola foram as características marcantes da vida de San Francisco de El Monte, no século XVII. A aldeia constituía nesta época a mais pura demonstração do que era uma localidade chilena.
Atrativos turísticos de El Monte
El Monte é lugar interessante de conhecer, destacam-se a Igreja San Francisco lugar de suma importância para a localidade, a fazenda de San Miguel de El Monte. El Monte, segundo suas autoridades, foi denominada como "Donde nace la Patria" o que se supõe ser neste local onde habitariam responsáveis diretos da independência do Chile.