Casou-se no dia 25 de maio de 2019, sob forte esquema de segurança, com Heloísa Wolf, em cerimônia que contou com cerca de 150 convidados incluindo seu pai, Jair.[17] O casal teve sua primeira filha, Geórgia Bolsonaro, em 10 de outubro de 2020.[18]
Em 27 de abril de 2016, propôs na Câmara dos Deputados um projeto de lei que pretende anular a Resolução 213/15, do Conselho Nacional de Justiça (CNJ), que instituiu as chamadas "audiências de custódia", criando a obrigatoriedade de apresentação de toda pessoa presa a um juiz de direito no prazo máximo de 24 horas. Bolsonaro argumentou que a resolução teria vícios processuais, ao dispor sobre processo penal, além de administrativos, uma vez que impõe tarefas a outras repartições não ligadas ao Judiciário.[29]
Em 24 de maio de 2016, apresentou um projeto de lei que criminaliza o comunismo. A alteração proposta equipara apologia ao comunismo à apologia ao nazismo § 1º Fabricar, comercializar, distribuir ou veicular símbolos, emblemas, ornamentos, distintivos ou propaganda que utilizem a cruz suástica ou gamada, a foice e o martelo ou quaisquer outros meios para fins de divulgação favorável ao nazismo ou ao comunismo.”[30]
Em 14 de dezembro de 2016, Eduardo entrou com uma liminar para resgatar o projeto anticorrupção onde teve 2 milhões de assinaturas.[32] O projeto teria sido alterado pela Câmara e sendo incluído abuso de autoridade para juízes e procuradores.[33] No mesmo dia, o ministro do STF, Luiz Fux aceitou a liminar e o projeto anticorrupção voltou ao status quo.[33]
No dia 25 de outubro de 2014, em manifestação pelo impeachment de Dilma Rousseff, foi o condutor do evento e esteve presente com uma pistola na cintura,[38] mesmo alegando o porte legal de armas,[39] causou controvérsia.[40] Em entrevista ao jornal El Pais, Eduardo justificou por ter ido armado: "Eu sou policial federal 24 horas por dia. Existem inúmeros exemplos de policiais que morrem fora de serviço, sob encomenda, principalmente do Primeiro Comando da Capital. É meu hábito, é normal, tenho porte. O que quer que eu faça? Não vejo por que teria que ir desarmado, se eu sempre ando armado mesmo".[41] Para a revista Veja, justificou dizendo: "Sou um potencial troféu para os vagabundos que queiram me matar, por causa da minha família e da ligação com a política. Não posso nunca dar bobeira. Só não levarei a pistola para a Câmara por ser proibido".[42]
Denúncia da PGR por ameaça
No dia 13 de abril de 2018, procuradora-geral da RepúblicaRaquel Dodge apresentou denúncia ao Supremo Tribunal Federal (STF) contra o deputado federal Eduardo Bolsonaro por ameaças que o parlamentar teria proferido contra a jornalista Patrícia Lélis.[43] De acordo com a denúncia, Eduardo Bolsonaro enviou mensagens por meio de um aplicativo de celular ameaçando Lélis e proferiu palavras de baixo calão. A PGR afirma que, em uma das mensagens, questionado se o diálogo se trataria de uma ameaça, respondeu: "Entenda como quiser".[43] O deputado afirma que as mensagens apresentadas por Patrícia Lélis são forjadas e ela teria conversado com outra pessoa que se passava por ele.
"O denunciado era plenamente capaz à época dos fatos, tinha consciência da ilicitude e dele exigia-se conduta diversa. Relevante destacar que o denunciado teve a preocupação em não deixar rastro das ameaças dirigidas à vítima alterando a configuração padrão do aplicativo Telegram para que as mensagens fossem automaticamente destruídas após 5 (cinco) segundos depois de enviadas", diz Dodge. "A conduta ainda é especialmente valorada em razão de o acusado atribuir ofensas pessoais à vítima no intuito de desmoralizá-la, desqualificá-la intimida-la ('otária', 'abusada', 'vai para o inferno', 'puta' e 'vagabunda')", complementa.[43]
Patrícia Lélis ficou conhecida após acusar o deputado Marco Feliciano de estupro no dia e horário que o deputado estava em reunião, após ser desmentida no programa Superpop da RedeTV!, virou ré por falça comunicação de crime e extorsão.[44] Questionada como o deputado Feliciano poderia estar em dois lugares ao mesmo tempo Patrícia Lélis respondeu que o deputado recebeu onipresença de Deus.[45] Um laudo da Polícia Civil de São Paulo mostrou que Patrícia Lélis é mitomaníaca e mente compulsivamente.[46] No dia 20 de dezembro de 2019 Patrícia Lélis foi presa nos Estados Unidos por falsa comunicação de crime, sendo solta 3 dias depois, sem autorização para deixar o estado da Virginia sob risco de prisão sem direito a fiança.[47][48]
Fechamento do STF
Em outubro de 2018, circulou nas redes sociais um vídeo de Eduardo Bolsonaro feito em 9 de julho do mesmo ano em um curso no município de Cascavel, no Paraná, para interessados em prestar concursos públicos. Durante a filmagem, que foi postada no YouTube, o deputado é questionado sobre como reagiria caso o Supremo Tribunal Federal (STF) indeferisse a candidatura de seu pai, Jair Bolsonaro. Eduardo afirmou no vídeo que o bastaria um "cabo e um soldado" se alguém "quiser fechar o STF". Em sua fala na íntegra, o parlamentar disse: "Mas se o STF quiser arguir qualquer coisa, sei lá – recebeu uma doação ilegal de cem reais do José da Silva… pô, impugna a ação dele… a candidatura dele. Eu não acho isso improvável, não. Mas aí vai ter que pagar para ver. Será que eles vão ter essa força mesmo? O pessoal até brinca lá, cara: 'se quiser fechar o STF, você sabe o que você faz? Você não manda nem um jipe. Manda um soldado e um cabo'. Não é querer desmerecer o soldado e o cabo, não. O que que é o STF, cara? Tira o poder da caneta de um ministro do STF, o que ele é na rua? Você acha que a população… Se você prender um ministro do STF, você acha que vai ter uma manifestação a favor dos ministros do STF?".[49]
Em um vídeo gravado três dias depois, durante uma audiência pública sobre o voto impresso na Comissão de Ciência e Tecnologia da Câmara dos Deputados, em 12 de julho, Eduardo Bolsonaro voltou a questionar a autoridade do STF e mencionou uma "ruptura mais dolorosa". "Eu acredito que caso o próximo presidente venha a tomar medidas e aprovar projetos que sejam contrários ao gosto desse Supremo, eles vão declarar inconstitucional. E, aqui, a gente não vai se dobrar a eles não. Eu quero ver alguém reclamar quando estiver no momento de ruptura mais dolorosa do que colocar dez ministros a mais na suprema corte. Se este momento chegar, quero ver quem vai para rua fazer manifestação pelo STF, quem vai pra rua dizer 'ministro X, volte, estamos com saudades' [...] A gente brinca aqui que juiz acha que tem o rei na barriga e que o ministro da Suprema Corte tem certeza que tem o rei na barriga. Tem que mudar isso daí", afirmou o deputado federal. Em um artigo publicado no dia 19 de junho deste ano pelo jornal goiano Hora Extra, intitulado "Pensar fora da caixinha para derrubar a ditadura do STF", Eduardo Bolsonaro já havia atacado as decisões do STF e afirmado ser necessária uma "contrarrevolução" contra a principal instituição do Judiciário.[50]
Em sua defesa, Eduardo Bolsonaro disse que "nunca defendeu o fechamento do STF", que "pede desculpas" caso tenha "ofendido ou atingido alguém" e que respondeu "a uma hipótese esdrúxula, onde Jair Bolsonaro teria sua candidatura impugnada pelo STF sem qualquer fundamento".[57]Jair Bolsonaro, por sua vez, disse que "quem falou em fechar o STF tem que consultar um psiquiatra".[58] Posteriormente, declarou: "Eu também, em nome dele, peço desculpas ao Poder Judiciário. Não foi a intenção dele atacar quem quer que seja. E eu espero que, como todos nós podemos errar, que os nossos irmãos do Poder Judiciário deem por encerrada essa questão." Bolsonaro também enviou uma carta ao ministro Celso de Mello onde afirma que o Supremo "é o guardião da Constituição" e que "todos temos de prestigiar a Corte".[50]
Nepotismo
Em 2019 foi cogitado por seu pai, à época presidente da República Jair Bolsonaro, para ser indicado ao cargo de embaixador do Brasil em Washington, Estados Unidos.[59] No entanto, não recebendo apoio do Senado Federal, ao qual caberia aprovar a indicação sendo acusado de nepotismo, posteriormente, Eduardo desistiu de pleitear o cargo.[60][61]
Ataque virtual à jornalistas
Em setembro de 2019, Jair e Eduardo Bolsonaro usaram suas redes sociais para expor suas insatisfações com matéria da revista Época. A partir deste momento, os jornalistas começaram a ser atacados nas rede sociais. Em nota, a Associação Brasileira de Jornalismo Investigativo (ABRAJI) criticou a atitude dos políticos:
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"Trata-se de uma atitude típica de políticos autoritários, e não de quem tem compromisso com o princípio constitucional que garante a liberdade de expressão. Quem se vale de sua posição de poder para instigar o público contra a imprensa busca restringir sua atuação – em uma democracia, é inadmissível que isso ocorra." (…) "A crítica aos veículos e jornalistas também deve ser livre – é normal que sua atuação passe pelo escrutínio dos participantes da esfera pública. Mas a própria democracia passa a ser alvo quando críticas se transformam em ataques, ainda mais se estes provêm de representantes eleitos e são amplificados e coordenados por redes sociais."[62]
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Apoio ao AI-5
No final de outubro de 2019, Eduardo disse que um "novo AI-5" era uma possibilidade em caso de "radicalização da esquerda" no Brasil. A fala ocorreu em entrevista ao canal da jornalista Leda Nagle no YouTube, após uma pergunta sobre os protestos no Chile. O Ato Institucional nº 5 (AI-5) foi editado em 1968, no período mais duro da ditadura militar brasileira e resultou na dissolução do Congresso Nacional e das assembleias legislativas estaduais, além de suspender as garantias constitucionais, permitir a cassação de direitos políticos de forma sumária e o fim do habeas corpus. O período que se seguiu ao AI-5 foi marcado por intensificação da censura e repressão política, com torturas e assassinatos de opositores do regime.[63]
A declaração de Eduardo gerou ampla reação negativa de partidos de esquerda, centro e direita, além do poder judiciário. A oposição disse que vai denunciar Eduardo ao Conselho de Ética e Decoro Parlamentar. O presidente da Câmara, Rodrigo Maia, disse em nota oficial que a declaração sobre o AI-5 era "repugnante" e que a "apologia reiterada a instrumentos da ditadura é passível de punição pelas ferramentas que detêm as instituições democráticas brasileiras".[63]
A Constituição garante a Eduardo Bolsonaro não ser punido "por quaisquer de suas opiniões, palavras e votos", a chamada "imunidade parlamentar", prevista no artigo 53. No entanto, a própria Constituição também estabelece no artigo 55 que o parlamentar pode perder seu mandato por "quebra de decoro" se houver "abuso das prerrogativas (direitos)" garantidos aos congressistas. Com base nisso, a oposição anunciou que irá pedir a cassação de Eduardo no Conselho de Ética e Decoro Parlamentar.[63]
Depois da forte reação negativa e de ser repreendido pelo presidente Jair Bolsonaro, o deputado disse ter sido mal interpretado ao programa Brasil Urgente, da Band, e pediu desculpas pela declaração.[63]
Evento sem autorização no DF
Em novembro de 2019, Eduardo Bolsonaro comunicou em rede social um convite para a população ir ao "Cine Brasil", em Brasília. Segundo Eduardo Bolsonaro, o filme "conta a história do Brasil" e "desagrada seu professor de história, que tenta te enviesar ideologicamente para que você acredite apenas no que ele diz". O Correio Brazilienseinvestigou o caso e descobriu que Eduardo Bolsonaro, até o momento do anúncio, não tinha autorização para o evento. Moradores Vila Planalto não gostaram da decisão, tendo em vista que o filme distorce fatos históricos provados. Os deputados distritais Fábio Felix (PSOL), Leandro Grass (Rede) e Arlete Sampaio (PT) emitiram notas de repúdio que classificam o filme como uma afronta à democracia, narrado "de forma a desconstruir a violência do regime, justificando a atuação militar e a repressão contra os civis".[64]
Crime eleitoral
Em maio de 2023, Nikolas Ferreira, Carla Zambelli, Eduardo Bolsonaro e Flávio Bolsonaro foram multados, pela divulgação de vídeo descontextualizado sobre Lula durante as eleições de 2022. Segundo a decisão do TSE, os acusados compartilharam informações falsas em suas redes sociais com o intuito de prejudicar a candidatura do ex-presidente Lula. O vídeo, produzido por Ferreira e partilhado pelos parlamentares, associou o slogan “Faz o L” com o incentivo ao uso de drogas por crianças e adolescentes, a associação desses comportamentos à criminalidade e a propostas de censura de redes sociais.[65][66][67]
Publicação das notícias falsas sobre o Rio Grande do Sul
Em maio de 2024, o Palácio do Planalto apontou que o deputado federal Eduardo Bolsonaro (PL-SP), o senador Cleitinho Azevedo (Republicanos-MG) e o influenciador Pablo Marçal estão na lista de responsáveis por postagens como "fake news" relacionadas às chuvas no Rio Grande do Sul.[68]
Em 2015, ficou em primeiro lugar na categoria Combate à Corrupção e ao Crime Organizado, do Prêmio Congresso em Foco 2015. Bolsonaro teve 16 769 votos, mais de 10 mil à frente do segundo lugar.[72]
Em 2017, ficou em primeiro lugar, na categoria de Melhor Deputado do Ano pelo Voto Popular, do Prêmio Congresso em Foco 2017. Bolsonaro teve 55 256 votos, quase o triplo do segundo colocado.[73]