Em 2005, ele entrou para o time da Bad Robot, de J.J. Abrams, onde escreveu para Alias e Lost, ganhando — juntamente a equipe de roteiristas de Lost — o Writers Guild of America (WGA) Award como Melhor Serie Dramática. Em 2006, durante sua terceira temporada, Goddard se tornou co-produtor executivo de Lost.
Em dezembro de 2013, a Marvel anunciou oficialmente que Goddard seria o produtor executivo e showrunner da série de televisão Daredevil produzida pela Marvel Television e transmitida na Netflix em 2015.[4] Goddard, que anteriormente tinha sugerido a Marvel Studios um filme do Demolidor, disse que "a Netflix foi o melhor lugar possível" para explorar o personagem: "Tivemos mais liberdade de fazer algo mais adulto na televisão."[5] A Sony Pictures também anunciou que Goddard iria escrever e dirigir um filme baseado no Sexteto Sinistro, embora o projeto foi eventualmente cancelado.[6][7] Goddard se retirou das tarefas de showrunner de Demolidor,[8] permanecendo envolvido na série como produtor executivo e consultor.[9] Em fevereiro de 2015, depois de anunciado o acordo entre a Marvel e a Sony para compartilhar os direitos do Homem-Aranha, foi relatado que Goddard estava em negociações com a Marvel e a Sony para dirigir o novo reboot do Homem-Aranha no cinema,[10][11] mas ele acabou recusando a oferta.[12]
Goddard escreveu a adaptação cinematográfica do primeiro livro do autor Andy Weir, The Martian, inicialmente com o objetivo de também dirigi-la para a 20th Century Fox, mas foi forçado a abandonar a direção devido a conflitos de agenda.[13]Perdido em Marte foi dirigido por Ridley Scott, e Goddard recebeu uma indicação ao Oscar pelo seu roteiro.
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