Daniel Fernández Torres nasceu em Chicago em uma família porto-riquenha. Em Porto Rico, ele começou a estudar engenharia industrial antes de entrar no seminário. Foi ordenado sacerdote em 7 de janeiro de 1995, pelo Bispo Iñaki Mallona Txertudi, e estudou teologia dogmática de 1996 a 1998 na Pontifícia Universidade Gregoriana. Primeiro trabalhou como pároco e em 2000 tornou-se regente do seminário da Diocese de Arecibo, onde permaneceu até 2005. Fernández também foi membro do Conselho de Presbíteros da diocese.[2]
Em uma carta de 2009 ao delegado apostólico de Porto Rico, Nieves recomendou que o Vaticano transferisse Fernández para uma diocese dos EUA em vez de nomeá-lo bispo de Arecibo. Nieves disse que Fernández causou “atrito” dentro da conferência episcopal de Porto Rico, demonstrou “rigidez” e raramente se socializou com padres da arquidiocese.[3] Em 24 de setembro de 2010, foi nomeado Bispo de Arecibo.[4]
Em 2014, a Congregação para a Doutrina da Fé anunciou que havia conduzido uma investigação sobre queixas de má conduta sexual contra Fernández e rejeitou as alegações. Fernández disse que as queixas foram motivadas pela oposição à sua perseguição de padres acusados de abuso sexual. Naquela época, ele havia removido seis de seus padres do ministério ativo.[5][6] Em 2014, Fernández tentou negar na justiça o acesso dos investigadores do governo a informações adicionais sobre casos de abuso sexual, alegando que a diocese havia fornecido detalhes suficientes e temia que os investigadores revelassem as identidades daqueles que apresentavam queixas.[7]
Em dezembro de 2020, em uma carta aberta, ele pediu ao novo governador de Porto Rico, Pedro Pierluisi, que interrompesse o processo de integração de gênero. Ele vê essa política como "guerra de classes sexual" e critica que, do seu ponto de vista, a "suposta libertação das mulheres está sendo transformada em uma luta contra a religião".[8]
Fernández publicou uma declaração em 17 de agosto de 2021, afirmando que um católico poderia ter uma objeção de consciência a vacinação contra a COVID-19. Ele permitiu que padres e diáconos de sua diocese assinassem cartas de objeção de consciência se solicitados pelos paroquianos.[9][10] Ele se recusou a assinar uma declaração conjunta de 24 de agosto de 2021 dos outros bispos de Porto Rico que afirmava um "dever ético de ser vacinado" contra a Covid-19.[11] Também se recusou a assinar uma declaração conjunta dos bispos sobre a restrição da celebração de formas tradicionais da missa.[12] Em algum momento durante a pandemia, Fernández foi convocado para comparecer ao Vaticano em Roma, mas se recusou a ir.[13]
Em 1 de outubro de 2021, Fernández recebeu um pedido do Papa Francisco para renunciar ao cargo de bispo de Arecibo.[13] Em 7 de dezembro de 2021, Fernández escreveu ao Cardeal Marc Ouellet, prefeito da Congregação para os Bispos, afirmando que
...oferecer minha renúncia seria o mesmo que declarar-me culpado de algo do qual sou conscientemente inocente, e implicaria tornar-me cúmplice de uma forma de proceder estranha à Igreja.[13]
Na carta a Ouellet, Fernández solicitou confirmação por escrito do pedido de renúncia. Ele também solicitou uma lista das alegações contra ele, incluindo a quebra de comunhão com seus colegas bispos e a desobediência ao papa. Declarou-se inocente de todas as acusações, defendeu suas declarações e conduta sobre a vacina COVID-19 e declarou sua crença de que o desacordo sobre o assunto era "a pedra de toque que desencadeia toda essa controvérsia". Ele também declarou sua disposição de enviar seus seminaristas ao seminário interdiocesano de Porto Rico se o Vaticano quisesse.[13]
Em 18 de janeiro de 2022, Fernández escreveu ao Papa Francisco, oferecendo-se para "esclarecer quaisquer dúvidas ou informações distorcidas que possam ter chegado até você" e afirmou que "desde o primeiro pedido de renúncia, solicitei que as razões para tal decisão me fossem apresentadas por escrito, mas nunca as recebi". Afirmou em sua carta ao papa que havia começado a transferir seus seminaristas da Espanha para o seminário interdiocesano em Porto Rico. Ele expressou apreço pela disposição do papa em recebê-lo pessoalmente, mas explicou que ainda não havia agendado tal encontro devido a sua responsabilidade de cuidar de seus pais idosos.[13]
Em fevereiro de 2022, Fernández escreveu ao arcebispo Ghaleb Bader, o delegado apostólico em Porto Rico, afirmando que, por não receber justificativa suficiente para sua remoção, ele não renunciaria à sua sé. Em 7 de março, Fernández soube que sua remoção seria anunciada.[13]
O Papa Francisco dispensou Fernández Torres da liderança da Diocese de Arecibo em 9 de março de 2022.[14] No dia seguinte à sua remoção, ele reiterou sua posição e disse que se sentia "abençoado por sofrer perseguição e difamação". Ao mesmo tempo, Fernández Torres enfatizou sua lealdade à Igreja Católica e ao Papa, apesar de sua "perplexidade por uma arbitrariedade incompreensível".[15] Posteriormente fez vários pedidos de um encontro com Francisco, que não foram respondidos.[3]