A empresa foi fundada em 31 de janeiro de 2000, sendo assim uma das primeiras cooperativas a integrar o Sistema Bairro a Bairro, uma iniciativa da SPTrans (São Paulo Transporte). Atuava nas áreas 6 (Sul) e 7 (Sudoeste).
Entre 2003 a 2005, a Cooperauhton adquire cerca de 50 novos ônibus de modelos CAIO Apache Vip e Marcopolo Torino de sexta geração. Os veículos vinham com chassi Volkswagen de motor dianteiro. Chegou a operar um ônibus Neobus Mega de prefixo 7 9056, o antigo 66 003 da empresa CCTC e movido a gás natural veicular que foi anos após convertido a diesel.
A partir de 2006, a empresa passa a enfrentar problemas financeiros que enfrenta também paralisações e greves na época e alguns veículos já tinham mais de 10 anos de uso, o que é proibido por decreto de lei municipal.
Acidentes
Os problemas começaram em 12 de setembro de 2007, quando um veículo da Cooperauhton perdeu uma roda, matando um homem de 26 anos[1].
Doze dias depois, em 24 de setembro de 2007, outro veículo perdeu o eixo e deixou duas pessoas feridas.[2]
Três dias depois, em 27 de setembro de 2007, mais um veículo perdeu a roda e feriu uma adolescente de 14 anos.[3]
Sabotagens
A polícia investigou sabotagens, como a falta de manutenção como principal causa de acidentes. A cooperativa, muitas vezes, operava linhas com veículos velhos.[4]
Descredenciamento e Problemas atuais
Depois de acidentes e de sabotagens, a prefeitura de São Paulo resolveu descredenciar a Cooperauhton, em 1 de outubro de 2007[5]. Com isso algumas linhas que pertenciam a Cooperauhton foram repassadas para a CooperPam e a empresas de ônibus como VIP e Viação Campo Belo. Nos dias de hoje, a área 6 se adaptou facilmente sem a cooperativa, mas na área 7, o extremo problema de lotação continua, necessitando muito de novas linhas e carros.
