Durante muitos anos, o Comando Sul foi encarregado de defender o Negev e garantir a segurança da fronteira do Egito na Península do Sinai. O Comando Sul liderou as tropas das FDI em cinco guerras contra o Egito: a Guerra Árabe-Israelense de 1948, a Guerra de Suez, a Guerra dos Seis Dias, a Guerra de Atrito e a Guerra do Yom Kippur. Esta elevada actividade operacional e o seu elevado custo resultaram na substituição bastante rápida dos Alufs do Comando Sul (ACS). As substituições mais famosas ocorreram em 1973, durante a Guerra do Yom Kippur quando Shmuel Gonen foi suspenso como ACS devido a repetidas disputas com Ariel Sharon, que era o ACS anterior. O governo nomeou Haim Bar-Lev, que era o ex- Chefe do Estado-Maior Geral, como o novo ACS em uma diretriz de emergência. Após o tratado de paz Egito-Israel, a frente sul permaneceu quieta e a maior parte da atividade centrou-se na proteção das fronteiras contra contrabandistas e na segurança fluida sobre a Faixa de Gaza.
A partir de 2004, os combates em Gaza tornaram-se especialmente intensos e, por parte das FDI, incluíram assassinatos seletivos, pequenas expedições blindadas e esforços para localizar e destruir os túneis de contrabando usados por grupos militantes palestinos para obter armas.