Foi a primeira instituição de ensino gratuito em Portugal, estabelecido pela Companhia de Jesus: "todas as crianças capacitadas que soubessem ler e escrever e estivessem dispostas a confessar-se uma vez por mês, podiam frequentar o Colégio sem mais condições".[2] O seu primeiro reitor foi o Jesuíta Inácio de Azevedo.
Nele teve lugar a famosa "Aula da Esfera", onde se ensinaram as ultimas novidades cientificas[3].
↑«Edifício principal do Hospital de São José, antigo Convento e Colégio de Santo Antão-o-Novo». Direcção Geral do Património CulturalEm falta ou vazio |url= (ajuda)
↑Costa, S. J., Manuel G. da (1946). Inácio de Azevedo. O Homem e o Mártir da Civilização do Brasil. Braga: Livraria Cruz. p. 91
↑Leitão, Henrique, A Ciência na "Aula da Esfera" no Colégio de Santo Antão, Lisboa, 2007