O clã teve um significante poder durante os períodos Muromachi (1336-1467), Sengoku (1467-1600) e Edo, movendo-se de Shikoku paraKinai, e então para Kyūshū durante os séculos.
O clã também foi uma das três famílias a monopolizar o posto de Kanrei (deputado do xogun), durante o xogunato Ashikaga. Um deles foi Hosokawa Yoriyuki.[1] No começo do governo dos Ashikaga, os Hosokawa receberam todo o controle de Shikoku. Durante o curso deste período, membros do clã Hosokawa foram governadores (shugo) de Awa, Awaji, Bitchū, Izumi, Sanuki, Settsu, Tanba, Tosa e Yamashiro.
Um conflito entre Hosokawa Katsumoto, o quinto Kanrei, e seu sogro Yamana Sōzen, sobre a sucessão do xogunato, levou à Guerra Ōnin, que provocou a queda do xogunato e 150 anos de caos e guerra, conhecidos como Sengoku. Seguindo a queda do xogunato Ashikaga, que era sediado em Kyoto, o controle da cidade, e assim de todo o país, caiu nas mãos dos Hosokawa (que detinham o posto de Kyoto Kanrei – deputados do xogun em Kyoto) por algumas gerações.
O filho de Katsumoto, Hosokawa Masamoto, deteve assim o poder no início do século XVI, mas foi assassinado em 1507. Após sua morte, o clã se dividiu e ficou enfraquecido pelas lutas internas. O poder que ainda possuíam, contudo, se concentrava apenas em Kyoto. Isso deu a oportunidade de consolidar o poder por mais algum tempo, tornando-se fortes rivais do clã Ōuchi, politicamente e em termos de comércio com a China.[2] Os Hosokawa permaneceram em Kyoto por mais ou menos cem anos, fugindo da cidade quando esta foi atacada por Oda Nobunaga.
Período Edo
Os Hosokawa de Kokura (Kumamoto) se tornaram a principal linhagem dos Hosokawa durante o Período Edo. Hosokawa Gracia, a esposa de Hosokawa Tadaoki, foi uma das mais famosas pessoas convertidas ao Cristianismo; ela também era filha de Akechi Mitsuhide.
Apesar do domínio de Hosokawa estar em Kyūshū, longe da capital, estavam entre os daimyo mais ricos. Em 1750, Higo era uma das maiores produtoras de arroz, e servia como padrão para os Osaka rice brokers. O domínio sofreu declínio econômico assim como outros feudos, mas Hosokawa Shigekata instituiu reformas para contornar a situação. Ele também fundou uma escola, Seisei-kō, in 1755.[4]
Havia quatro ramos maiores no clã Hosokawa no Período Edo, cada um com o título de daimyo. Outros dois ramos da família, sob o sobrenome Nagaoka, serviu aos Hosokawa de Kumamoto como karō. A residência de uma dessas famílias, Hosokawa Gyōbu mansion (細川刑部邸,Hosokawa Gyōbu-tei?), ainda existe, e é patrimônio cultural da prefeitura de Kumamoto.
Guerra Boshin
Durante a Guerra Boshin de 1868-69, os Hosokawa de Kumamoto, Kumamoto-Shinden, e Udo lutaram ao lado das forças imperiais. Participaram da Batalha de Aizu e da Batalha de Hakodate, entre outras.