Mesmo que o clube foi fundado já em 1935, eles tiveram que esperar até 1977 até que fez sua estréia na Primera D Metropolitana. Eles fizeram progressos rápidos para ganhar a promoção para Primera C Metropolitana em 1982, e promoção de Primera B Metropolitana em 1985. Eles jogaram sua primeira temporada, a nível nacional em 1986, no Argentina Nacional B.
A equipe utilizava as cores azul e branco em seu uniforme, mas em 1981 eles mudaram para o amarelo e verde para combinar com as cores do seu patrocinador, uma empresa de ônibus local.
Na temporada 2005–06 o clube terminou em 5° no Apertura e 17° no Clausura. Apesar de terminar em 11 º no geral, os resultados do período anterior de 2 temporadas asseguraram que eles terminaram em penúltimo lugar da tabela de rebaixamento. Isso significava que eles precisavam jogar em uma promoção de duas partidas/playoffs de rebaixamento contra o Club Deportivo Morón. O jogo terminou com 4 a 4 no placar agregado, gols nos 47 e 50 minutos na segunda etapa, o que significava que o Defensa y Justicia manteve seu lugar no Nacional B.[1]
Em sua primeira partida oficial fora da Argentina em 82 anos de fundação, pela Copa Sul-Americana, no dia 11 de maio de 2017, o clube argentino fez história ao eliminar o favorito São Paulo em seu próprio estádio. Após empatar o primeiro jogo em casa por 0 a 0, na volta no Morumbi, a equipe argentina saiu atrás do placar contra o time brasileiro mas logo depois foram buscar o gol de empate que terminou em 1 a 1, resultado que classificou os argentinos para a segunda fase do torneio continental.[2]
Após derrotar o Lanús, a equipe vence seu primeiro título continental em mais de 80 anos de história, a Copa Sul-Americana.[3] Em 2021, após derrotar o Palmeiras a equipe venceu o seu segundo título continental, a Recopa Sul-Americana.
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