Em algum momento entre 657 e 661, tornou-se rei de todos os francos através da expulsão do trono austrasiano de Quildeberto, o Adotado, mas os austrasianos clamaram por um rei próprio e em algum momento entre 660 e 662, Ebroíno colocou outro filho de Clóvis II no trono da Austrásia, Quilderico II. Clotário manteve sob seu domínio a Nêustria e a Borgonha até sua morte na primavera de 673.[1] Ele foi sepultado na Basílica de Saint-Denis e uma tumba, provavelmente a sua, foi descoberta recentemente. Então, seu irmão Teodorico III o sucedeu.
Note-se que ele é frequentemente descrito como o primeiro roi fainéant - rei que nada faz - da dinastia merovíngia.