Estudou zoologia em Viena sob a orientação de Carl Claus (1835-1899) e em Leipzig tendo como orientador Rudolf Leuckart (1822-1898). Obteve o seu doutoramento na Universidade de Leipzig com uma dissertação intitulada Beiträge zur Entwicklungsgeschichte der Lepidopteren (Contribuições para a biologia do desenvolvimento dos Lepidoptera). Hatschek foi profundamente influenciado pelos trabalhos de Ernst Haeckel (1834-1919).
Em 1885 foi nomeado professor de zoologia na Universidade de Carlos em Praga, transferindo-se a partir de 1896 para as funções de professor e director do segundo instituto zoológico da Universidade de Viena. Hatschek sofria de depressão severa, o que afectou grandemente o seu trabalho nas últimas fases da vida.[1][2]
Hatschek é lembrado pela chamada "teoria trocófora", na qual considerou o trocóforo como a forma larval de um hipotético organismo, o "trochozoon", cuja forma adulta corresponderia um rotífero semelhante a um trocóforo, organismo que seria o ancestral comum de quase todas as formas de vida metazoárias com simetria bilateral.[3][4]