Ele e Matt Damon são donos de sua própria empresa de produção de filmes, a Pearl Street Films. Tem um irmão mais novo, o ator Casey Affleck, com quem já trabalhou em filmes como Good Will Hunting e Gone Baby Gone. Além do trabalho em filmes, está ativamente envolvido em causas humanitárias e políticas; é o co-fundador da Eastern Congo Initiative. Foi casado com a atriz Jennifer Garner por dez anos, e com ela teve três filhos.
Estreou no cinema com o filme Laços de Família e a partir daí protagonizou filmes como Chasing Amy (Procura-se Amy), Mallrats (Barrados no Shopping), Dogma, Good Will Hunting (pelo qual ganhou um óscar com Matt Damon na categoria de Melhor Argumento Original) e "Glory Daze". Em 1998 participou em Shakespeare in Love (br: Shakespeare Apaixonado) e Armageddon, realizando seu sonho de participar em filmes ao lado das grandes estrelas do cinema. Em 2001, interpreta Rafe no êxito de bilheteira Pearl Harbor. Em 2004 participou do fracassado Daredevil (Demolidor) e Jersey Girl.
A Warner anunciou no mês de agosto de 2013, que Affleck seria o novo Batman, no filme Batman v Superman: Dawn of Justice, a lançar em 2016.[2] Apesar de inicialmente ter sido contestada por fãs do personagem,[3] sua atuação como Batman recebeu críticas positivas. Affleck também seria o herói em Justice League e uma breve participação em Suicide Squad.[4]
Affleck teve relacionamentos com Gwyneth Paltrow entre 1997 e 2000, e Jennifer Lopez, com quem chegou a ser noivo. Em 2005 casou-se com Jennifer Garner, com quem trabalhou em Pearl Harbor e Daredevil. O casal teve três filhos — Violet Anne Affleck (nascida em 1 de dezembro de 2005), Seraphina Rose Elizabeth Affleck (nascida em 6 de janeiro de 2009) e Samuel Garner Affleck (nascido em 27 de fevereiro de 2012). O casal se divorciou em 2015. No início de 2020, durante as gravações de Deep Water, Ben começou um relacionamento com a atriz cubana Ana de Armas.[5] Eles ficaram juntos até janeiro de 2021. Alguns meses depois, Ana revelou que a separação ocorreu porque ela queria filhos e Ben já não queria mais.[6] Em julho de 2021, após 17 anos Ben e Jennifer Lopez reataram o namoro.[7]
Em julho de 2022, Affleck e Lopez se casaram.
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