A base militar foi fundada por volta de 1921, no contexto da campanha marroquina , estabelecendo-se como uma base que acomodaria os hidroaviões da Aeronáutica Militar. Foi localizado entre o Mar Chica e o saliente chamado "El Atalayón". Inicialmente, foi equipado com hidroaviões Savoia S.16.
É preciso dizer que a rebelião militar de Melilla foi o primeiro movimento do golpe de Estado na Espanha de julho de 1936, que significou o início da Guerra Civil Espanhola. A poucos Km. de Melilla encontrava-se a Base de Hidroaviões de El Atalayón, ao comando do Comandante Leret Ruiz. Este já se tinha declarado oposto à conspiração golpista e quando teve notícia do sucedido na cidade seguiu se mantendo fiel ao governo republicano. Apesar dos poucos meios e homens que dispunha a seu comando, se manteve em seus treze inclusive quando um Esquadrão de cavalaria dos regulares foi à zona para terminar com a resistência e assegurar a base aérea.
Durante este ataque, o fogo de Leret e seus homens causou a morte de um sargento e um soldado marroquinos da unidade atacante. Ante a resistência da base, um tabor de regulares ao comando do comandante Mohamed ben Mizzian teve que interromper sua marcha para Melilla para cooperar no assalto à base de hidroaviões. O capitão Leret esteve a resistir durante várias horas até que esgotou a munição, momento em que ele e seus poucos homens se viram finalmente superados ante os regulares que tinham sido enviados para acabar com sua resistência. Sobre o final de Leret não está claro, ainda que parece que quando feito prisioneiro, imediatamente seria fuzilado "ao amanhecer de 18 de julho, seminu e com um braço rompido", junto com os alferes Armando González Corral e Luis Calvo Calavia.
Em julho de 1936, as instalações da Atalayón eram a sede de um grupo de hidroaviões Dornier "Wal". A base estava sob o comando do capitão Virgilio Leret Ruiz , que se opôs ao golpe de Estado e defendeu o Atalayón contra o ataque das forças rebeldes. A resistência, no entanto, seria sufocada. No curso da Guerra Civil Espanhola, a base foi usada por alguns aviões alemães Heinkel He 59 , usados nos ataques aos portos republicanos do Mediterrâneo. Durante os primeiros anos do regime de Franco, a base recebeu um grupo de Dornier «Wal», que continuou operando até o início dos anos 1950.
