Em 1833 regressou ao exército liberal como comandante do 6.º batalhão nacional fixo e do 3.º batalhão provisório, e a 14 de Setembro desse ano distinguiu-se em combate em Lisboa.[1]
Nos primeiros anos da Regeneração integrou o «Partido Nacional» Progressistaanticabralista, cuja comissão central era presidida pelo 2.º marquês de Loulé. Em Dezembro de 1850, António Francisco Jacques de Magalhães era o representante deste partido na subcomissão de Braga.
Após a cisão partidária resultante da dissolução parlamentar de Julho de 1852, o visconde de Fonte Arcada enveredou, com outros companheiros, pela «dissidência progressista histórica» e no Verão de 1854 organizou com eles o Partido Histórico, ligado ao novo governo do marquês de Loulé. Em 1856 foi um dos seis vice-presidentes do novo partido.[6]
Na sessão da Câmara dos Pares de 10 de Fevereiro de 1857, António Francisco Jacques de Magalhães, dando voz a uma minoria de pares que se arvoravam juntamente com ele em paladinos do direito público à informação dos trabalhos parlamentares do pariato, fez-se notar pelo discurso que proferiu, advogando a necessidade de «uma publicação que consagrasse para a história o papel desempenhado pela Câmara dos Pares», para o que propunha «a adopção do mesmo modelo de publicação das sessões que vigorava na Câmara dos Deputados.» Mas o visconde de Fonte Arcada não veio a obter daí os resultados esperados.[7]
Era conhecida a sua preocupação relativamente ao estado da agricultura em Portugal e, em Março de 1856, enquanto se afirmava como figura proeminente no Partido Histórico, ainda na sua fase embrionária, apresentou um sentido discurso sobre a crise agrícola portuguesa.[8] Isso explica a sua simpatia pelo associativismo agrícola. Em 25 de Março de 1860, António Francisco Jacques de Magalhães reuniu com mais de noventa agricultores numa sala da Companhia das Lezírias, manifestando aí, juntamente com outros, poucos, liberais convictos, a sua disponibilidade para os ajudar na criação da nova Sociedade Central da Agricultura.[9]
Durante o Fontismo (1869-1890) António Francisco Jacques de Magalhães parecia manter ainda a sua energia do político de outros tempos, pois desde 19 de Março de 1878 que foi um dos pares mais empenhados na polémica discussão do projecto de reforma do pariato, no sentido de que este viesse a readquirir o seu prestígio, posto que o sistema da Câmara dos Pares havia sido acusado de ter caído na promiscuidade, pelo facto de os pares serem «filhos das afeições dos ministros» e não serem de eleição popular. O visconde de Fonte Arcada concordava com a opinião corrente de que a câmara carecia de reforma, e logo apresentou a sua proposta de que em vez de se reformar o pariato, a solução devia passar pela promulgação de uma lei de incompatibilidades, «a única forma de se libertar o sistema da promiscuidade que o afectava».[10] O problema iria arrastar-se-ia ainda por muitos anos até à falência da instituição, mas a verdade é que, no imediato, o projecto em discussão recebeu 46 votos a favor e 10 contra e baixou à Câmara dos Deputados.
Além de militar e de político, António Francisco Jacques de Magalhães foi também um homem dado às letras. Em 1869 havia publicado as Vozes leaes ao povo portuguez, obra que se encontra guardada na Biblioteca Martins de Carvalho,[11] e em 1886 foram publicadas pela imprensa nacional de Lisboa as suas Poesias inéditas, «coligidas e mandadas imprimir em homenagem à sua memória por sua viúva, a viscondessa Maria Isabel Raposo de Sousa d’Alte Espargosa» e reimpressas as Vozes leaes.[12]
Também descendia, por sua tetravó, Lourença Henriques, da família dos Guerra Lobo que foram fidalgos da Casa Real e, através de sua, trisavó paterna, Luísa Freire de Andrade descendia dos Freires de Andrade que foram também fidalgos da casa real e cuja linhagem remonta a Fernão Peres de Andrada que viveu nos finais do século XIV.
Do lado de sua avó paterna, D. Antónia Mariana de Noronha descendia dos condes de Arcos, de que seu bisavô foi o 5.º titular do condado.
Pela parte da sua avó materna, D. Mariana de Meneses, descendia dos senhores dos morgados da Patameira e Torre da Caparica.
Do seu casamento com Maria Isabel Raposo de Sousa d'Alte Espargosa não houve filhos.
António Francisco Jacques de Magalhães faleceu no dia 19 de Agosto de 1880 sem descendência, extinguindo-se com ele o título de visconde de Fonte Arcada.
↑PORTUGAL. Constituição, 1838. Constituição politica da Monarchia portugueza. - Lisboa : Na Imp. Nacional, 1838. http://purl.pt/725/1/P30.html
↑SARDICA, José Miguel, A vida partidária portuguesa nos primeiros anos da Regeneração, Análise Social, vol. XXXII (143-144), Faculdade de Ciências Humanas da Universidade Católica Portuguesa (UCP), 1997, (4.º-5.º), 747-777. http://analisesocial.ics.ul.pt/documentos/1218793617W8uJL5lv4Ey14MT8.pdf
↑MONTEIRO, Isilda Braga da Costa, O Registo escrito do discurso parlamentar: uma (re)construção, Instituto de História Moderna da Universidade do Porto, p.305.
http://ler.letras.up.pt/uploads/ficheiros/4861.pdf
↑GRAÇA, Laura Larcher, Conselho Económico e Social – Propriedade e Agricultura: Evolução do modelo dominante de sindicalismo agrário em Portugal, Lisboa, 1990, p.84. http://www.ces.pt/file/doc/226[ligação inativa]
↑GAIO, Felgueiras, 1750-1831, Nobiliário de famílias de Portugal, Braga/ Agostinho de Azevedo Meirelles e Domingos de Araújo Affonso, 1938-1941, Braga, Pax, 17 vol, tomo XVI, p. 129. BND http://purl.pt/12151/1/hg-40109-v/hg-40109-v_item4/P334.html