Em 1820 Bain emigrou para a Colônia do Cabo e iniciou em Graaff-Reinet uma atividade profissional como seleiro. Durante as Guerras Xhosa, de 1833 até 1834, assumiu o comando de um batalhão provisório destacado para a defesa da fronteira. Mais tarde, foi contratado para a construção de uma estrada militar através do passo de montanhaEcca e exibiu talentos de engenharia que o levaram a ser permanentemente empregado como agrimensor de estradas militares sob o comando do corpo de Engenheiros Reais.[1]
Esta nova ocupação despertou-lhe o interesse pela Geologia, aumentado ainda mais após a leitura, em 1837, dos Elements of Geology de Charles Lyell. Bain descobriu os restos fósseis de muitos répteis, incluindo o do Dicynodon (1838), extraído dos Leitos Karroo perto de Fort Beaufort e descrito na literatura por Richard Owen. Bain dedicou todo o seu tempo extra aos estudos geológicos e preparou em 1852 a primeira carta geológica[2] abrangente da África do Sul, obra de grande mérito, publicada pela Sociedade Geológica de Londres em 1856.[1]
No Museu Britânico está armazenado um manuscrito, de 1846, de autoria de Bains, listando os fósseis sul-africanos, que consiste de 31 painéis.[3] Uma parte de seu espólio encontra-se no arquivo da Universidade de Witwatersrand de Joanesburgo.[4]
Bain casou em 16 de novembro de 1818 com Maria Elizabeth von Backstrom. Do seu casamento nasceram sete crianças, entre elas: Thomas Charles John Bain (1830-1893), Agnes Elizabeth Catherine Maria Bain e Jane Geddes Bain.
