Santos Júnior nasceu em Viseu a 2 de Dezembro de 1908, sendo filho do Dr. Alfredo Rodrigues dos Santos Sénior, Comendador da Ordem Militar de Cristo a 18 de Novembro de 1933,[2] e de sua mulher D. Guiomar de Almeida Rosa.
Formou-se em Medicina e Cirurgia na Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra. Foi médico do Hospital de Gouveia e director do posto médico da Caixa de Previdência dos Lanifícios de Gouveia. Veio contudo a abandonar as funções de médico para se dedicar à política.
Foi condecorado como Oficial da Ordem Militar de Cristo a 15 de Setembro de 1948, tendo sido elevado a Comendador da mesma Ordem a 10 de Dezembro de 1959 e a Grã-Cruz a 18 de Maio de 1964.[2] A sua actuação no Ministério do Interior ficou marcada pelo notório reforço da acção repressiva do regime.