Agustín Stahl estudou medicina em universidades européias: Universidade de Wartburg ( Eisenach) e na Universidade de Praga, onde graduou-se com o título de doutor em 1864. Depois da graduação retornou para Porto Rico, onde exerceu a medicina na cidade de Bayamón; porém, além da sua profissão interessou-se por vários outros campos do saber, levando-o à estudar e experimentar em etnologia, botânica, e zoologia. Também se interessou pela história.
Stahl recebeu vários prêmios e condecorações de instituições, tais como:
Sociedade Antropológica Espanhola.
Academia das Artes e das Ciências de Barcelona.
Academia das Ciências Médicas da Catalunha.
Stahal foi membro e participante ativo "Partido Autonomista Puertorriqueño", convencido que Porto Rico deveria tornar-se independente da Espanha. Devido a sua ação política foi destituído de seu posto no "Instituto Civil de Ciências Naturais" na Espanha, sendo deportado em 1898.
Morreu na cidade de Bayamón, estando seus restos mortais enterrados no cemitério munipal desta cidade. A cidade de Bayamón transformou sua casa num museu dedicado a sua vida e a sua obra. O escultor porto-riquenho Tomás Batista criou um busto em sua homenagem, que está exposto
na Universidade de Cayey.
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