Começou no Club Atlético de San Isidro (CASI), onde jogava com seus dois irmãos: Joaquín e Enrique. Em 1999, após uma excelente participação no Mundial, Agustín transferiu-se para a Europa para melhorar seu jogo. Foi assim que começou a jogar no clube inglês Bristol, onde logo depois de algumas temporadas se converteu no primeiro estrangeiro capitão de equipe.
Em 2003 foi para o clube francês Stade Français, de Paris. No primeiro ano de contrato jogou junto com outros argentinos como Juan Martín Hernández e Ignacio Corleto, além do ítalo-argentino Diego Domínguez. Agustín venceu o campeonato francês e se consolidou jogador titular.
