Desde 2012 esta planta encontra-se classificada na secção Arthrosia de Acianthera. Esta secção caracteriza-se por plantas de flores delicadas, quase translucidas com uma articulação na à base do labelo que se encaixa na coluna. Similar à Acianthera gracilis.
Chiron, G. R., Guiard, J. & Van Den Berg, C. (2012) Phylogenetic relationships in Brazilian Pleurothallis sensu lato (Pleurothallidinae, Orchidaceae): evidence from nuclear ITS rDNA sequences, Phytotaxa 46: 34–58.
Govaerts & al. 2013. Acianthera malachantha em World Checklist of Selected Plant Families. The Board of Trustees of the Royal Botanic Gardens, Kew. Publicado na internet. Accesso: 21 de janeiro de 2013.