Klub został założony w 2005 roku[7] jako FM Spyris. W tymże roku zespół startował w rozgrywkach w II lidze (grupa Pietūs). W sezonie 2010 zmienił nazwę na Aisčiai i zajął drugie miejsce w grupie Pietūs i awansował do I ligi. W 2011 powrócił do nazwy FK Spyris. W 2014 uplasował się na czwartej pozycji, ale otrzymał promocję do najwyższej ligi Mistrzostw Litwy. Na początku 2016 przyjął nazwę Žalgiris Kowno. W sezonie 2017 po raz drugi z rzędu zajął ostatnie miejsce i został relegowany ligę niżej.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, W – mecz wyjazdowy
Klub rozgrywa swoje mecze domowe na stadionie S. Dariusa i S. Girėnasa w mieście Kowno, który może pomieścić 9 500 widzów, w tym 8 248 miejsc siedzących.
