Po raz kolejny seminarium ustanowiono w łódzkich Łagiewnikach 22 czerwca 1978 roku, tym razem dla prowincji północnej franciszkanów konwentualnych. W 1986 roku z prowincji M.B. Niepokalanej wyłoniła się nowa prowincja z siedzibą w Gdańsku. Od tego podziału WSD w Łagiewnikach stało się seminarium międzyprowincjalnym, ponieważ uczyli się w nim alumni obydwu prowincji[4]. W 1986 roku do WSD przeniesiono Bibliotekę Prowincjalną, mieszczącą się dotąd w Warszawie.
W latach 1982–1984, według projektu Mirosława Robaka, przy klasztorze powstał oddzielny gmach dla seminarium. Nowy budynek, w kształcie dwupiętrowego czworoboku, miał według planów pomieścić 80 – 100 alumnów[5]. Od roku akademickiego 2001/2002 wszyscy alumni są równocześnie studentami Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie[6].
Od 13 czerwca 1998 roku Seminarium decyzją o. prowincjała Józefa Łapińskiego za zgodą ojca Generała zostało podniesione do rangi autonomicznego klasztoru pw. św. Bonawentury. Tym samym każdorazowy Rektor jest gwardianem (przełożonym) dla wszystkich przebywających w seminarium de familia.
Kaplica seminaryjna
W gmachu WSD istnieje Instytut Franciszkański oraz seminaryjny zespół muzyczny „Pokój i Dobro”, który tworzą bracia klerycy.
↑Statystyka (zeszyt 4). W: Sławomir Wilewski: Posłani w pokoju Chrystusa. Tydzień modlitw o powołania do kapłaństwa i życia konsekrowanego (8–12 maja 2022). Radom: Krajowe Centrum Powołaniowe • Wydawnictwo Diecezji Radomskiej AVE, 2022, s. 6. ISBN 978-83-67205-01-6.
