W ciągu nocy w okresie od 7 do 12 września 1943 roku dokonano tu serii masowych egzekucji. Na skutek błędów zginęło wiele osób, co do których toczyło się jeszcze postępowanie apelacyjne w sprawie złagodzenia kary. Na pojawienie się śmiertelnych w efekcie pomyłek miało wpływ telefoniczne często relacjonowanie spraw, bez żadnych pisanych dokumentów.
Ewangelicki duchowny, Harald Poelchau, odniósł się do tych wydarzeń w następujący sposób:
Gdy zapadł zmrok 7 września, rozpoczął się masowy mord. Noc była zimna. Co chwilę ciemność rozświetlał blask eksplodujących bomb. Do tego światła reflektorów tańczyły po niebie. Więźniowie stali zebrani w kilku kolumnach – jeden za drugim. Stali w ten sposób, początkowo nieświadomi swojego losu. Nagle zdali sobie, co ich miało czekać. Ośmiu mężczyzn naraz zostało wywołanych po nazwiskach i zabitych. Pozostali powoli przesuwali się i czekali na swoją kolej. Co chwila wymieniałem kilka słów szeptem ze swoim katolickim przyjacielem. Nagle oprawcy przerwali swoją pracę ze względu na odbywające się w okolicy bombardowanie. Pięć szeregów mężczyzn miało być na chwilę odprowadzonych do swoich cel. Egzekucja trwała. Wszystkie osoby, które odprowadzono do cel, zostały powieszone [...] Wyroki wykonywano przy świetle świec, ponieważ wystąpiła awaria elektryczności. Dopiero wczesnym rankiem, około godziny 8 wycieńczeni kaci przerwali swoją pracę, by kontynuować ją wieczorem po regeneracji sił.
Jedną z przyczyn masowych egzekucji były, przeprowadzone kilka dni wcześniej przez aliantów, naloty na Berlin. Więzienie Plötzensee doznało poważnych uszkodzeń, gilotyna została praktycznie zniszczona, a kilku więźniom udało się uciec (zostali wkrótce schwytani). Głównym motywem zbiorowych egzekucji było wykonanie wyroków, nim skazańcy zdołają uciec. Do dnia dzisiejszego w więzieniu Plötzensee znajduje się pomnik, upamiętniający więźniów zamordowanych przez Niemców. Pomnik został odsłonięty 14 września 1952 roku. Z ówczesnych zabudowań więziennych do dziś zachowała się jedynie szopa, w której wykonywano wyroki – niewielki ceglany budynek z dwoma pomieszczeniami, gdzie więźniów wieszało się lub dekapitowało (ścinało głowy).
Z tej okazji po II wojnie światowej wzniesiono pamiątkową ścianę z napisem Ofiarom Dyktatury Hitlera w latach 1933–1945. Do roku 1987, więzienie wykorzystywano do przetrzymywania młodocianych przestępców w wieku od 14 do 20 lat. Gdy więzienie dla nieletnich przeniesiono do nowej, pobliskiej siedziby (Jugendstrafanstalt Berlin na Friedrich-Olbricht-Damm), Plötzensee zamieniono na więzienie dla mężczyzn, zdolne pomieścić 577 więźniów.
Ściana upamiętniająca ofiary nazizmu
Ofiary egzekucji
W wiezieniu w Plötzensee zginęli obywatele 20 krajów. Stracono w nim blisko 1500 Niemców, 667 obywateli Czechosłowacji, 253 Polaków i 245 Francuzów[2].
Brigitte Oleschinski: Gedenkstätte Plötzensee. Berlin: Gedenkstätte Dt. Widerstand. Wyd. 3. 1997. ISBN 3-926082-05-4. (niem.). Brak numerów stron w książce
