Możliwe, że zbyt mocno polega na źródłach pierwotnych. Podane poniżej informacje, mające charakter medyczny, mogą być częściowo lub w całości niepoparte dowodami naukowymi. Jako pozbawione odpowiednich źródeł mogą zostać zakwestionowane i usunięte. Należy podać wiarygodne źródła w formie przypisów bibliograficznych. Po wyeliminowaniu niedoskonałości należy usunąć szablon {{Dopracować}} z tego artykułu.
Polega na przecięciu pni nerwów błędnych w okolicy przepony. Uzyskuje się przez to odnerwienie przywspółczulne żołądka wraz z wątrobą, trzustką, drogami żółciowymi i jelitami. Konieczne jest wykonanie pyloroplastyki np. sposobem Henekego i Mikulicza lub Finney'a.
Wagotomia selektywna sp. Frankssona
Zabieg polegający na przecięciu gałęzi żołądkowych nerwu błędnego nerwów Latarjeta (przedniego (lewego) i tylnego (prawego)). Uzyskane odnerwienie ograniczone zostaje do całego żołądka. Konieczne wykonanie pyloroplastyki.
Wagotomia wysoce selektywna
Przecięciu podlegają jedynie gałązki żołądkowe nerwu Latarjeta. Unerwienie tak zwanej kurzej stopki zostaje nienaruszone, co umożliwia zachowanie prawidłowej czynności motorycznej ścian żołądka. Zabieg ten, jako jedyny, nie wymaga przeprowadzenia dodatkowo pyloroplastyki, stosowanej w obydwu wcześniejszych ze względu na utrudnione opróżnianie się żołądka (wskutek upośledzonej funkcji perystaltycznej).