Stolica Apostolska jest połączona z Watykanem unią personalną i funkcjonalną. Stolica Apostolska sprawuje nad Watykanem wyłączne zwierzchnictwo oraz suwerenną władzę i jurysdykcję[2]. Stolica Apostolska ma swoją siedzibę w Watykanie, z charakterystyki jednak tego specyficznego podmiotu wynika, iż nie jest ona przypisana do żadnego konkretnego miejsca, jej siedzibą jest miejsce zamieszkania papieża.
Głowa państwa
Najwyższą władzę w Państwie Watykańskim sprawuje papież (obecnie Franciszek) (ma on w rękach pełnię władzy wykonawczej, ustawodawczej oraz sądowniczej). Jest on także głową Stolicy Apostolskiej, podmiotu prawa międzynarodowego, nierozerwalnie związanego z osobą papieża i utożsamianą z nim. On sam wybierany jest na dożywotnią kadencję na konklawe przez Kolegium kardynałów, które wspomaga go w kierowaniu Kościołem i zarządzaniu Stolicą Apostolską. Zgodnie z Prawem Fundamentalnym papież jest Suwerenem Państwa Miasta Watykan i Najwyższym Kapłanem. Papież nie może zostać przez nikogo odwołany, jednakże może zrezygnować z urzędu[3]. Jego śmierć lub rezygnacja rozpoczyna okres sede vacante. Wtedy kardynałkamerling pełni funkcję tymczasowej głowy państwa do czasu wyboru nowego papieża. Natomiast Kolegium kardynałów może w tym czasie wydawać niezbędne akty prawne, które mają charakter tymczasowy, jeżeli nie zatwierdzi ich nowo wybrany papież[4].
Władza wykonawcza i ustawodawcza
Sekretariat Stanu
Drugą osobą po papieżu, odpowiedzialną za całość polityki Stolicy Apostolskiej i Watykanu, jest sekretarz stanu kierujący pracami składającego się z dwóch sekcji Sekretariatu (obecnie kard. Pietro Parolin). Pierwsza z nich zajmuje się pomocą papieżowi w sprawach ogólnych i codziennych obowiązkach. Druga ma za zadanie dbanie o stosunki z innymi krajami, a jej kompetencje dotyczą cywilnych spraw zagranicznych Stolicy Apostolskiej i Państwa Watykańskiego.
Gubernatorat Państwa Watykańskiego
Prezydent Gubernatoratu Państwa Miasta Watykańskiego (obecnie kard.Fernando Vérgez Alzaga) zastępuje papieża w pełnieniu roli szefa państwa w Watykanie. Kieruje on urzędem zwanym Gubernatoratem, który jest najwyższą instytucją wykonawczą. Zarządza on i administruje państwem. Wyłączone spod jego władzy są jedynie kwestie zastrzeżone Sekretariatowi Stanu (sprawy zagraniczne), czy innym urzędom.
Papieska Komisja Państwa Watykańskiego (której przewodniczącym jest z urzędu Prezydent Gubernatoratu) jest natomiast jedynym ciałem legislacyjnym. Jest ona powiązana funkcjonalnie z Gubernatoratem, który stanowi jej zaplecze techniczne i wykonawcze. Wszystkie jednak jej akty prawne są przekładane, za pośrednictwem Sekretariatu Stanu, papieżowi do zatwierdzenia.
Polityka finansowa
Nad finansami Stolicy Apostolskiej i Watykanu czuwają: