Ulica Lipowa stanowi fragment dawnej średniowiecznej drogi do Niepołomic i Mogiły. W połowie XIX wieku została przystosowana do funkcji drogi wojskowej. W okresie międzywojennym przybrała charakter ulicy miejskiej dla przemysłowego obszaru Zabłocia. Łączyła historyczne dzielnice Podgórze i Płaszów. W 1921 roku pojawia się pod nazwą ul. Wałowej z racji położenia przy wale linii kolejowej. W 1926 roku nadano oficjalnie jej obecną nazwę. Brak jednak informacji o obecności lip przy tej ulicy[1]. W tym okresie, a także bezpośrednio po wojnie, obejmowała swoim przebiegiem również odcinki dalej na wschód od współczesnego przebiegu aż do ówczesnej ul. Płaszowskiej. Jej środkowy odcinek, rozdzielony w latach 40. XX wieku małą obwodnicą kolejową, już nie istnieje. Wschodni odcinek nosi obecnie nazwę ul. Kiełkowskiego[2][3][4].
Ulica Lipowa stanowiła jedną z głównych ulic przemysłowego Zabłocia. Zlokalizowane były przy niej następujące fabryki[5], wpisane do miejskiej ewidencji zabytków[6]:
ul. Lipowa 4 – Pierwsza Małopolska Fabryka Naczyń Emaliowanych i Wyrobów Blaszanych "Rekord", późniejsza Deutsche Emailwarenfabrik Oskara Schindlera, obecnie mieści się w niej muzeum historyczne Fabryka Emalia Oskara Schindlera oraz muzeum sztuki współczesnej MOCAK; najstarsza część autorstwa Zygmunta Prokesza pochodzi z 1937 r.
ul. Lipowa 10-12 – fabryka wyrobów metalowych, początkowa pod nazwą Fabryka Siatek, Mebli, Konstrukcji Żelaznych i Wyrobów Ornamentalnych Kutych Józefa Goreckiego, a od 1920 r. jako Krakowska Fabryka Drutu i Wyrobów Żelaznych W. Kucharski; najstarsza część autorstwa Władysława Kleinbergera pochodzi z 1899 r.,
W 1979 roku w pobliżu ulicy Lipowej uruchomiono na głównej linii kolejowej (nr 91) przystanek Kraków Zabłocie, obsługujący miejscowe zakłady. Pod linią kolejową przebiega tunel pieszy łączący ul. Lipową z ul. Kącik i ul. Traugutta.
Ulica Lipowa uznana została za ważną przestrzeń publiczną w programie rewitalizacji poprzemysłowej dzielnicy z 2008 roku – planowano wówczas jej przekształcenie w Aleję Lipową[7]. Projekt ten nie został jeszcze (2020) zrealizowany.