W 1953 rozpoczął pracę na Politechnice Gdańskiej, w lutym 1960 obronił doktorat (promotorem pracy pt. Dobór elementów systemu energetycznego – metoda rachunku analitycznego był prof. Kazimierz Kopecki)[1]. W tym samym roku wyjechał do Kanady na staż w firmie Surveyer, Neninger & Chênevert. W celach naukowych wyjeżdżał już wcześniej – w 1958 uczestniczył w Światowym Kongresie Energetyków w Montrealu.
Po powyższej konferencji Biernackim zainteresowało się SB, zakładając sprawę rozpracowania agenturalnego o kryptonimie „Tomasz-G”. Kontakt nawiązano w listopadzie 1959. Rozmowy trwały do kwietnia 1960, kiedy ostatecznie podpisano zobowiązanie do współpracy – pod pseudonimem „Tomasz”. Praca miała odbywać się „po linii naukowo-technicznej”.
W firmie Surveyer w niedługim czasie objął stanowisko szefa Wydziału Inżynierii Mechanicznej, jednocześnie regularnie kontaktował się z wywiadem PRL. Ostatnie zadanie otrzymał w marcu 1961.
7 kwietnia 1961 zostaje aresztowany przez Kanadyjską Królewską Policję Konną (RCMP). Podczas śledztwa poszedł na współpracę z kanadyjskim wymiarem sprawiedliwości, ujawniając policji szczegóły swojej pracy.
O aresztowaniu Biernackiego władze PRL dowiedziały się z prasy kanadyjskiej. Po wielokrotnych interwencjach został zwolniony i zamieszkał w konsulacie w Montrealu, gdzie oczekiwał na sprawę sądową. W tym czasie raportował o przebiegu śledztwa i działaniach RMCP. 24 stycznia 1962 proces „Tomasza” kończy się zwolnieniem z odpowiedzialności karnej i powrotem do Polski.
W 1965 uzyskuje stopień doktora habilitowanego, w 1970 – prof. nadzwyczajnego. Od 1958 był prorektorem, a w latach 1975–1978 rektorem Politechniki Gdańskiej. W latach 1978–81 pełnił z kolei funkcję podsekretarza stanu w Ministerstwie Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki.
