Partey zaczynał karierę w młodzieżówce Odometah FC jednak zdecydował się podpisać kontrakt z Atletico w 2011 roku. Do rezerw został przeniesiony rok później. 10 marca 2013 roku Thomas został powołany na mecz z Realem Sociedad[1], ale w nim nie wystąpił, a Atletico przegrało 0:1[2].
12 lipca 2013 roku Partey został wypożyczony do RCD Mallorca, które wtedy grało w Segunda División[3]. Sezon w Mallorce zakończył z 37 występami i pięcioma bramkami. 27 lipca 2014 roku znowu został wypożyczony, ale do Almerii, która grała w Primera División[4].
Po powrocie z Almerii dołączył do pierwszej drużyny rojiblancos. Jego debiut miał miejsce 28 listopada 2015 roku w wygranym 1:0 meczu z Espanyolem. Zmienił Luciano Vietto[5]. 2 stycznia 2016 roku wchodząc z ławki strzelił zwycięskiego (i swojego pierwszego) gola dla Atletico w meczu z Levante UD[6].
.jpg)
