Za rządów hellenistycznej dynastii Ptolemeuszy Tebaida stanowiła wyodrębnioną jednostkę administracyjną podległą epistrategowi Teb, który był również odpowiedzialny za nadzór nad nawigacją po Morzu Czerwonym i Oceanie Indyjskim.
W czasach Imperium rzymskiegoDioklecjan stworzył prowincję Thebais, w której stacjonowały legiony I Maximiana Thebanorum i II Flavia Constantia. Dzieliła się ona na Tebaidę Górną ze stolicą w Tebach i Tebaidę Dolną ze stolicą w Ptolemais Hermiou.