Nazwa Targu wzięła się od drewna, którym handlowano w tym miejscu. Została ona użyta po raz pierwszy w 1581 roku.
9 grudnia 1659 na Targu spalono na stosie uznaną za czarownicę 88-letnią Annę Krüger, której w "akcie miłosierdzia" przymocowano przy sercu kilka torebek prochu, które wybuchły z dotarciem do nich pierwszych płomieni. Sąsiedzi oskarżyli ją o zabicie za pomocą czarów ich bydła i "zadawanie" diabła ludziom, czemu przez długi czas zaprzeczała, aby niespodziewanie przyznać się do winy i utrzymywania kontaktów z diabłem imieniem Klaus. Była to jedna z 13 śmiertelnych ofiar polowania na czarownice w Gdańsku[2] (ogółem za czary skazano 20 osób)[3].
8 maja 1904 roku odsłonięto na Targu Drzewnym pomnik Kriegerdenkmal, upamiętniający żołnierzy poległych w wojnach poprzedzających zjednoczenie Niemiec. W 1946 roku został on zniszczony.
