Był jednym z pierwszych pedagogów w środowisku warszawskim, który zajmował się zagadnieniem kooperatyw szkolnych. W 1919 roku opublikował broszurę pt. Kooperatywa uczniowska[2].
W 1945 roku Szczepan Bońkowski reaktywował szkołę pod nazwą Liceum Administracji Państwowej I stopnia w Warszawie przy ul. Nowogrodzkiej 58[4].
W 1947 roku został po raz II odznaczony Złotym Krzyżem Zasługiza zasługi położone w dziele organizacji szkolnictwa zawodowego[5]. W 1956 roku Szczepan Bońkowski został odznaczony za zasługi w pracy zawodowej w dziedzinie szkolnictwa zawodowego – Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski[6].
Przy ul. Chłodnej znajduje się tablica pamiątowa upamietniająca istnienie Państwowego Gimnazjum Kupieckiego i Liceum Administracyjnego im. J. i M. Roeslerów oraz jego dyrektora – Szczepana Bońkowskiego[4][8].
Od 1989 roku Szczepan Bońkowski jest patronem Zespół Szkół nr 7 im. Szczepana Bońkowskiego w Warszawie przy ul. Chłodnej 36/46[3].