Sekcja Marynarki przy Ministerstwie Spraw Wojskowych – komórka organizacyjna Ministerstwa Spraw Wojskowych właściwa w sprawach Marynarki Wojennej i Marynarki Handlowej.

Sekcja została utworzona na mocy dekretu Naczelnika Państwa Józefa Piłsudskiego z 28 listopada 1918 roku. Na stanowisko szefa Sekcji został wyznaczony pułkownik marynarki Bogumił Nowotny^[1]. Dekret został wydany w 291. rocznicę zwycięskiej bitwy pod Oliwą^[2].

Sekcja była pierwszą instytucją odpowiedzialną za organizację polskiej Marynarki Wojennej i Handlowej. 30 listopada Naczelny Wódz podporządkował Sekcji port wojenny w Modlinie, a na stanowisko komendanta portu wyznaczył majora marynarki Stanisława Witkowskiego^[3].

Na mocy rozkazu nr 1 Szefa Sekcji Marynarki Wojennej z 5 marca 1919 roku, utworzono tymczasowy etat Sekcji w składzie:

• szef sekcji – płk mar. Bogumił Nowotny
• zastępca szefa sekcji –
• adiutant – por. mar. Tadeusz Morgenstern-Podjazd
• oficer do zleceń –
• kierownik wydziału organizacyjno-operacyjnego – kpt. mar. Stefan Frankowski
• kierownik wydziału personalnego –
• kierownik wydziału technicznego – płk mar. inż. Bernard Müller
• kierownik wydziału administracyjnego – kpt. int. Kazimierz Zachar
• kierownik wydziału higieny morskiej – płk lek. dr Eugeniusz Ciastoń
• kierownik kancelarii – kpt. mar. Jan Roiński

Etat Sekcji liczył 24 oficerów oraz 50 pracowników cywilnych.

Na podstawie dekretu Naczelnika Państwa z dnia 14 maja 1919 roku, uchwały Rady Ministrów z 20 marca 1919 roku i rozkazu Ministra Spraw Wojskowych, generała porucznika Józefa Leśniewskiego z dnia 22 kwietnia 1919 roku dotychczasowa Sekcja Marynarki Wojennej została z dniem 2 maja 1919 roku przekształcona w Departament dla Spraw Morskich^[4].