Rzeki na terenie Mołdawii należą do zlewiska Morza Czarnego, głównymi są Dniestr i Prut, które wyznaczają także granice państwa, odpowiednio z nieuznawaną międzynarodowo Republiką Naddniestrza i Rumunią.

Najdłuższą rzeką w Mołdawii jest Dniestr, najdłuższy odcinek w granicach kraju posiada Prut, zaś Reut jest najdłuższą rzeką w całości położoną w Mołdawii.