Vitoria urodził się w miejscowości Alverca do Ribatejo, położonej w obrębie gminy Vila Franca de Xira[1]. W czasie kariery piłkarskiej, reprezentował barwy pięciu klubów, nigdy nie grając wyżej niż w trzeciej lidze (4 sezony). Przez 11 lat rywalizował na czwartym poziomie rozgrywkowym. Przez większość swojej kariery związany z klubem U. D. Vilafranquense.
Grający na pozycji pomocnika, Vitoria zakończył karierę zawodniczą w 2003 roku, w wieku 32 lat.
Kariera trenerska
Wczesne lata / Fatima
Pierwszą pracą trenerską Vitorii był jego klub z lat zawodniczych – Vilafranquense, z którego w 2004 roku przeszedł do Benficy, gdzie spędził dwa sezony prowadząc zespół juniorski.
W 2006 roku podpisał kontrakt z zespołem C. D. Fatima, pomagając klubowi awansować na drugi poziom już w swoim pierwszym sezonie. Kolejny sezon zakończył się natychmiastowym spadkiem. Sezon 2008/2009 przyniósł zwycięstwo na trzecim poziomie i powrót ligę wyżej.
Pod koniec sierpnia 2011 r. Vitória zastąpił zwolnionego Manuela Machado jako trener drużyny Vitória de Guimarães[3]. W sezonie 2012/2013 poprowadził klub do zdobycia Pucharu Portugalii. W finałowym meczu przeciwko Benficy drużyna z prowincji Minho zwyciężyła 2-1.[4] 10 sierpnia 2013 roku, jego drużyna przegrała 0-3 z ekipą FC Porto w meczu o Superpuchar Portugalii.
Benfica
15 czerwca 2015, mistrz Portugalii – Benfica potwierdził, że Vitória podpisał trzyletni kontrakt z klubem[5]. Swoje rządy rozpoczął od porażki w meczu o Superpuchar przeciwko Sportingowi (0-1)[6]. Pomimo niezbyt udanego startu, 15 maja 2016, Benfica wygrała trzeci tytuł mistrza Primeira Liga z rzędu i 35. w historii. W całym sezonie Benfica uzbierała 88 punktów w 34 meczach co stanowi rekord ligi portugalskiej[7]. W rozgrywkach Ligi Mistrzów dotarł do ćwierćfinału, a rozgrywki w krajowym pucharze zakończyły się siódmym w historii triumfem, wygrywając, w rozegranym 20 maja, finale z drużyną Маritimo 6-2. Rekordowy sezon był także pod względem liczby zwycięstw z rzędu w meczach wyjazdowych, których ekipie Vitóri udało się odnieść 11[8]. Został również uhonorowany nagrodą dla najlepszego trenera Primeira Liga w sezonie 2015/2016[9].
7 sierpnia 2016 roku w końcu udało mu się wygrać Superpuchar Portugalii w swoim trzecim podejściu. Benfica pokonała tego dnia 3-0 zespół Bragi[10]. W ten sposób na jego koncie były już wszystkie najważniejsze puchary w kraju. 23 października 2016 roku pobił mający ustanowiony 43 lata temu rekord Jimmy’ego Hagana 15 z rzędu wyjazdowych zwycięstw w lidze. 16 zwycięstwo Benfica odniosła pokonując CF Os Belenenses (0-2)[11].
7 kwietnia 2017 roku, Vitória przedłużył swój kontrakt na kolejne dwa sezony[10]. Sezon 2016/2017 przyniósł dopiero drugą w historii klubu potrójną koronę na którą składa się mistrzostwo Portugalii, Puchar Portugalii i Superpuchar.
An-Nassr
Rui Vitória został w styczniu 2019 roku nowym trenerem saudyjskiej drużyny An-Nassr[12]. Już w pierwszym sezonie pracy w klubie zdobył mistrzostwo i Superpuchar Arabii Saudyjskiej oraz doszedł do półfinału Azjatyckiej Ligi Mistrzów, gdzie przegrał po rzutach karnych z perskim Persepolis FC[13]. W grudniu 2020 roku został zwolniony, zostawiając klub na przedostatnim miejscu w tabeli.
Spartak Moskwa
Od maja 2021 roku pełni funkcję trenera Spartaka Moskwa, z którym podpisał dwuletni kontrakt[14].
