Rozgrywki toczyły się w pięciu grupach: Nord (Północ), Nordost (Północny Wschód), West (Zachód), Südwest (Południowy Zachód) oraz Bayern (Bawaria) i występowało w nich łącznie 91 drużyn. Po zakończeniu sezonu mistrzowie każdej grupy oraz wicemistrz grupy "Südwest" grali w barażu o trzy miejsca premiowane awansem do 3. Ligi, zaś najsłabsze drużyny z każdej grupy spadały do Oberligi.
Nord (Północ)
Drużyny
W Regionallidze w grupie Nord w sezonie 2015/16 występowało 18 drużyn.
Goslarer SC 08 spadł do Landesligi 2016/17 (nie otrzymał licencji na grę w Oberlidze 2016/17 i w następnym sezonie będzie występował w Landeslidze Braunschweig – szósty poziom rozgrywek).
Nordost (Północny Wschód)
Drużyny
W Regionallidze w grupie Nordost w sezonie 2015/16 występowało 18 drużyn.
* Po zakończeniu rozgrywek sezonu 2014/15 1. FC Union Berlin II (10 miejsce) zrezygnował z gry w Regionallidze w sezonie 2015/16 (drużyna została rozwiązana), dzięki czemu o wolne miejsce w Regionallidze rozegrano baraże, w których zagrały drużyny z 3. miejsc obu grup Oberligi Nordost.