Nowa liga została zainaugurowana po reorganizacji rozgrywek piłkarskich w Niemczech (w miejsce pięciu okręgowych grup Oberligi utworzono jedną grupę Bundesligi). Wcześniej (w latach 1949-63) drugą klasą rozgrywkową była 2. Oberliga oraz Amateurliga (w północnej części Niemiec). Rozgrywki toczyły się w pięciu grupach: Nord (Północ), West (Zachód), Südwest (Południowy-Zachód), Süd (Południe) oraz Berlin i występowało w nich łącznie 88 drużyn. Po zakończeniu sezonu mistrzowie i wicemistrzowie każdej grupy (z Regionalligi Berlin tylko mistrz) grali w barażu o dwa miejsca premiowane awansem do Bundesligi, zaś najsłabsze drużyny z każdej grupy spadały do Amateurligi.
Nord (Północ)
Drużyny
W Regionallidze w grupie Nord w sezonie 1963/64 występowało 18 drużyn.
SV Niederlahnstein i ASV Landau spadły do Amateurligi 1964/65.
* Po sezonie Phönix Ludwigshafen i TuRa Ludwigshafen połączyły się i w nowym sezonie będą występowały jako Südwest Ludwigshafen, dzięki czemu TSC Zweibrücken utrzymał się w Regionallidze.
Süd (Południe)
Drużyny
W Regionallidze w grupie Süd w sezonie 1963/64 występowało 20 drużyn.